Malatya’da 18 Nisan 2007 tarihinde Alman Tilman Geske, Necati Aydın ve Uğur Yüksel adlı misyoner oldukları iddia edilen öldürüldüğü Zirve Yayınevi davasının 5 asıl sanığı olan Emre Günaydın, Abuzer Yıldırım, Cuma Özdemir, Hamit Çeker ve Salih Gürler  yeni yasal düzenleme nedeniyle 7 yıl sonra gece yarısından sonra cezaevinde tahliye edildiler.  

Malatya'da 18 Nisan 2007'de Zirve Yayınevi'nde çalışan Alman uyruklu Tilman Ekkehart Geske ile Necati Aydın ve Uğur Yüksel adlı şahıslar Salih Gürler, Cuma Özdemir, Hamit Çeker ve Abuzer Yıldırım ve Emre Günaydın tarafından bıçaklanarak öldürülmüştü. 5 sanık olaydan hemen sonra polis ekiplerince olay yerinde yakalanmıştı. Sanıklardan Emre Günaydın ise, 3. Kattan atlaması sonucunda yaralanarak yaklaşık 1 ay hastanede tedavi görmüştü.

Zirve Yayınevi Cinayetleri nedeniyle 7 yıldan beri tutuklu yargılanan cinayet zanlıları Abuzer Yıldırım, Salih Gürler, Cuma Özdemir, Hamit Çeker, Emre Günaydın’ın avukatları Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi’ne verdikleri dilekçeler de; “Özel Yetkili Mahkemelerin kaldırılması hakkında Terörle Mücadele Kanunun ve Ceza Muhakemeleri Kanunu’nda değişiklikler yapan 6526 sayılı yasa gereğince” tahliye edilmeleri talebinde bulunmuşlardı.

Yapılan başvuru üzerine dava dosyasının gönderildiği Malatya 1. Ağır Ceza Mahkemesi tutukluluk süresini 5 yıla indirilmesi nedeniyle Emre Günaydın, Abuzer Yıldırım, Cuma Özdemir, Hamit Çeker ve Salih Gürler hakkında gece saat 23.00 sularında tahliye kararı verdi. Karar da sanıklar için günlük adli kontrol ve yurtdışı yasağı uygulanması kararlaştırıldı.

Savcı Zekeriya Öz’ün İstanbul Özel Yetkili Cumhuriyet Savcısı iken 17 Mart 2011 tarihinde başlattığı soruşturmada Ergenekon Terör Örgütü ve Zirve Yayınevi Davası arasında bağlantı bulunduğu gerekçesiyle başlattığı soruşturmada sonrasında Malatya Zirve Yayınevi Davasının 5 asıl sanığı ile birlikte 9 olan sanık sayısı 21’e yükselmiş ve davanın sanıkları arasına Emekli Orgeneral Hurşit Tolon ve Emekli Albay Mehmet Ülger ile birlikte 12 askeri personel sanık olarak yargılanmaya başlamıştı. Davanın sanıkları arasında yer alan eski misyoner İlker Çınar ise gizli tanık olarak yer aldı. Zekeriya Öz’un İstanbul’dan başlattığı Zirve soruşturmasından sonra davada ikinci aşamaya geçilerek, yargılama süreci 7 yılda bitirilemedi.

Zirve Yayınevi davasının 19 Şubat 2010 tarihindeki duruşmasında Cumhuriyet Savcısı verdiği mütalaasında  tutuklu 5 sanık hakkında "Terör, kasten adam öldürme, kişiyi hürriyetinden yoksun bırakma ve yağmaya teşebbüs" suçlarından ceza talep ederek, Emre Günaydın'ın terör örgütünün kurucusu ve yöneticisi olduğunu, diğer sanıklar Abuzer Yıldırım, Cuma Özdemir, Hamit Çeker ve Salih Gürler'in ise terör örgütü üyesi olduğunu iddia etmiş ve terör örgütü suçundan, cinayetlerden dolayı 3’er kez müebbet hapis, 3’kez hürriyeti tahdit sucundan ve 3’kez de yağmaya teşebbüs suçundan hapis talep etmişti. 

Cumhuriyet Savcısı davada yargılanan diğer sanıklar Kürşat Kocadağ, Mehmet Gökçe, Varol Bülent Aral ile Hüseyin Yelki'nin haklarındaki suçlamalardan dolayı beratlarına karar verilmesini talep etti.

Zirve Yayınevi'nin 24 Şubat 2014 tarihli 92. Duruşmasında Cumhuriyet Savcısı davanın ikinci mütalaasını vererek Emekli Orgeneral Hurşit Tolon, Emekli Albay Mehmet Ülger, Binbaşı Haydar Yeşil, Ruhi Abat, Uzman Çavuş Mehmet Çolak, Astsubay Murat Göktürk, Astsubay Abdullah Atılgın, Varol Bülent Aral ve tutuksuz sanık Hüseyin Yelki hakkında “Darbeye teşebbüs” suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis, adam öldürmeye azmettirmekten 3 kez, hürriyeti tehdit suçundan 3 kez ve yağmaya teşebbüs suçlarından da 3 kez cezalandırılmalarını talep ederken, sanıklar Astsubay Adil Akçay, Uzman Çavuş Adem Gedik ve Levent Ercan Gelegen için “Örgüt üyeliğinden”, sanık Aykut Saka için de “Örgüte yardım etmek” suçundan ceza talep etmişti.

Mütalaada davanın asıl sanıkları Abuzer Yıldırım, Salih Gürler, Cuma Özdemir, Hamit Çeker, Emre Günaydın için “darbeye teşebbüs” suçundan ağırlaştırılmış müebbet, adam öldürme suçundan da 3’er kez ağırlaştırılmış müebbet isterken, yine hürriyeti tehdit suçundan 3 kez ve yağmaya teşebbüs suçlarından da 3 kez cezalandırılmalarını talep etmiş ve gizli tanık ve sanık İlker Ç. için de etkin pişmanlık yasasının uygulanmasını talep etmişti. Mütalaa da  Kürşat Kocadağ ile Mehmet Gökçe’nin de beraatını talep edilmişti.

Zirve Yayınevi davasında olayın asıl 5 sanığının tahliye edilmesi ile birlikte tutuklu sayısı 9’a düştü. Dava kapsamında tutuklu olarak Emekli Orgeneral Hurşit Tolon ile birlikte muvazzaf 2 subay ve 2 astsubay, 1 uzman çavuş  ile birlikte 1 öğretim görevlisi ve 2 sivil ise halen tutuklu bulunuyor. Cezaevinde tutuklu kalan isimler davanın örgüt kapsamında yargılanıyorlar.