Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi (AİHM), Balyoz davasında sanıklardan Çetin Doğan'ın şikâyetiyle ilgili önemli bir karar verdi. AİHM, şüphelinin tutukluluğunun yasal olduğuna hükmetti. Doğan, Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nin 5.1 maddesiyle ilgili şikâyetinde, Balyoz davasında kullanılan delillerin kasten manipüle edildiğini ve tutukluluğunun TCK'ya aykırı olduğunu savundu. Ancak, somut delillerin ve cezai suç şüphesine yol açan makul gerekçelerin varlığına dikkat çeken AİHM, Doğan'la ilgili tutuklama kararının yasal olduğuna hükmetti. Karar metninde, "Mahkeme, davacının 2002 ve 2003'te hükümeti askerî darbe yoluyla devirmeyi planlamış Balyoz isimli suç örgütünün lideri olduğu şüphesiyle özgürlüğünden mahrum bırakıldığını tespit etmiştir. Bilhassa, ilgili kişi Balyoz isimli harekât planını kaleme aldığı, Balyoz örgütünde yer alan askerlere emir verdiği şüphesiyle tutuklanmıştır." ifadeleri kullanıldı. Doğan'a atfedilen suç iddialarıyla ilgili 2229 sayfa belge, 19 CD ve 10 kasetin delil olarak yer aldığına dikkat çeken AİHM, "Davacının cezai suç işlediği şüphesiyle tutuklanması için makul gerekçelerin bulunduğuna hükmedilmiştir." dedi. Kararda, Doğan'ın delillerin manipüle edildiği yönündeki iddiası da reddedilerek, tutuklama kararının somut delillere dayandığı ve Türk mahkemesinin Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'ne aykırı hareket etmediği ifade edildi. Tutukluluk süresi uzun değil AİHM, Doğan'ın tutukluluk süresinin uzunluğuyla ilgili şikâyetini de reddetti. Türk yargısının Doğan'ın serbest bırakılması halinde kaçma tehlikesi bulunduğu yönündeki görüşünü hatırlatan AİHM yargıçları, Balyoz davasının karmaşıklığı ve Doğan'a itham edilen suçların ciddiyetini göz önünde bulundurarak 1 yıl 4 aylık tutukluluk süresinin sözleşmeye aykırı olmadığına hükmetti. Doğan'ın tutukluluk süresince tedavi göremediği ve sağlığı bozulduğu gerekçesiyle yaptığı işkence ve kötü muamele şikâyeti reddedildi. Kararda, Doğan'ın tutukluluğunun ilk döneminde tedaviyi reddettiği, ancak tedaviyi kabul etmesiyle birlikte tüm tıbbî imkânların seferber edildiği ve sivil hastanelere gönderildiği belirtildi. Çetin Doğan'ın adil yargılanma hakkının ihlal edildiği yönündeki şikâyetini de değerlendiren mahkeme, henüz Balyoz davasının sonuçlanmadığını hatırlatarak karar çıkmadan bu maddeyle ilgili değerlendirme yapılamayacağını belirtti. Doğan'ın hakkındaki dava sonuçlandıktan sonra adil yargılanma hakkıyla ilgili ikinci başvuru yapabileceği kaydedildi. AİHM, Tuncay Özkan'ı da reddetmişti AİHM, daha önce de Ergenekon davası sanığı Tuncay Özkan'ın başvurusuyla ilgili olarak önemli bir ara karar vermişti. Özkan'ın 'özgürlük, güvenlik ve adil yargılanma' hakkının ihlal edildiği yönündeki şikâyetini reddetmiş, şüphelinin meşru sebeplerle tutuklandığını karara bağlamıştı. Kararda, Türk adli makamların ortaya koyduğu delillerin, Ergenekon terör örgütünün varlığına dair 'güçlü şüpheler' oluşturduğu aktarılmıştı.