Ergenekon davası sanığı emekli Albay Arif Doğan'ın tahliye edilmesi yolunu açan Adli Tıp Kurumu raporunda, tartışmalı raporları ile gündeme gelen Nur Birgen'in imzasının olduğu ortaya çıktı. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, JİTEM'in kurucularından olduğu iddia edilen Arif Doğan'ı 11 ay tutuklu kaldıktan sonra tahliye etti. Tahliye kararında Doğan'ın avukatının talebi üzerine 5 Haziran 2009'da Adli Tıp Kurumu'na sevk edildiği belirtildi. Mahkeme kararında Adli Tıp 3. İhtisas Kurulu'nun verdiği raporda ise sağlık gerekçesiyle tahliyesine karar verilmesi yönünde görüş bildirildiği kaydedildi. Doğan'ın dosyası, Adli Tıp Kurumu 3. İhtisas Kurulu'nda adli tıp uzmanları Nur Birgen, A. Sadi Çağdır, Koray Kaptanoğlu ile doktorlar tarafından incelendi. Uzmanların hazırladığı 5 sayfalık raporda, doktorların muayenesi sırasında 'Çöker misiniz?' denmesi üzerine Doğan'ın ağladığı belirtildi. Doğan'ın 'utandığını, yattığı hastanenin adını bilmediğini, unutkanlığının çok olduğunu, ölmek istediğini, ancak torunları için yaşamak istediğini, 1998'de emekli olduğunu, öncesinde de dağlarda çalıştığını' anlattığı aktarıldı. Doktorlar, bu durumu ajite depresyon olarak değerlendirdi. Raporun sonuç bölümünde Doğan'ın ileri derecede kalp yetmezliği olduğu belirtildi. Devamında da hastane şartlarında yatırmanın da takibinin uygun bulunduğu bu karara da oybirliği ile ulaşıldığı anlatıldı. Başkanlığını Uz. Dr. Nur Birgen'in yaptığı 3. Adli Tıp İhtisas Kurulu, aldığı birçok kararla tartışılmıştı. Kurul, Ergenekon tutuklusu İbrahim Şahin'in Susurluk davasında aldığı 6 yıl hapis cezasını tamamlamadan 2003'te salıverilmesinin yolunu açan 'sürekli sağlık sorunları var' raporunu vermişti. Aynı yıl kurulun o dönemki üyelerine İstanbul Tabip Odası (İTO) Onur Kurulu tarafından cezaevindeki korsakoff hastası hükümlülere çelişkili rapor verdikleri iddiasıyla geçici süreyle meslekten men cezası verilmişti. Dr. Birgen hakkında, 1995'te Adli Tıp şube müdürü olarak görev yaptığı sırada işkence gören 7 kişiye sağlam raporu verdiği gerekçesiyle de İTO Onur Kurulu'nca 6 ay meslekten men cezası verilmişti. Birgen, en son kanser hastası Güler Zere hakkında tutukluluğunun devamı yönünde görüş bildirmişti.