Bu genarlallerin isimleri Balyoz darbe planı belgeleri arasında bulunan darbeye destek verecek komutanlar arasında geçiyordu. O belgede bu generallerin karşısına (+),(++),(+++) şeklinde notlar düşülmüştü. Balyoz soruşturmasını yürüten Özel Yetkili Savcılar Mehmet Berk ile Bilal Bayraktar, 25'i muvazzaf general, 53'ü muvazzaf subay, 20'si emekli toplam 98 asker hakkında arama ve yakalama talimatı verdi. Pazartesi sabahı aralarında Ankara, İzmir ve Çanakkale'nin de bulunduğu toplam 14 ilde eş zamanlı operasyonlar başlatıldı. Aralarında MGK eski Genel Sekreteri Emekli Orgeneral Şükrü Sarıışık, İstanbul eski GATA Komutanı emekli Tümgeneral Tunçay'ın da bulunduğu 20 kişi gözaltına alındı. 3. Dalga durduruldu Gözaltılar dalga dalga büyürken, öğleden sonra İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin şok bir kararla, “Başsavcı ve Başsavcı Vekili'nin onayı olmadan gözaltı ve yakalama olmasın” talimatına uyulmadığı gerekçesiyle 3. dalga operasyonunu durdurdu. Soruşturmayı yürüten savcılar Berk ve Bayraktar görevden alındı yerine yeni savcılar atandı. Balyoz Soruşturması'nın koordinatörü olan Özel Yetkili Savcı Süleyman Pehlivan'dan “imza” yetkisi alınarak, Mehmet Ergül'e verildi. Engin, 98 kişilik listede bulunan bazı isimlerin gözaltına alınma kararlarını da iptal etti. İŞTE LİSTEDEKİ O İSİMLER NEJAT BEK (6. Kolordu Komutanı Korgeneral) KADİR SAĞDIÇ (Güney Deniz Saha Komutanı, Koramiral) MEHMET OTUZBİROĞLU (Kuzey Deniz Saha Komutanı, Koramiral) LEVENT GÖRGEÇ (Deniz Eğitim ve Öğretim Kom. Eğitim Yönetim Grup Bşk) AHMET YAVUZ (Kara Harp Akademisi Komutanı Tümgeneral) GÜRBÜZ KAYA (Taktik Piyade Tümen Komutanı Tümgeneral) E.CANER BENER (Güney Görev Grup Komutanı Tuğamiral) ALİ AYDIN (Jandarma Kayseri Bölge Komutanı Tuğ.) DİĞER GENERALLER - Tevfik Özkılıç: 9. Kolordu Komutanı Korgeneral - Korcan Polatsu: 1. Hava Kuvveti Komutan Vekili Tümgeneral - Selim Erkal Bektaş: KKK Denetleme ve Değerlendirme Başkan Yardımcısı - Ahmet Bertan Nogaylaroğlu: Hava Harp Akademisi Komutanı. Tümgeneral - Hasan Fehmi CANAN: 2. Ordu Komutanlığı Kurmay Bşk ve Malatya Gar Kmt Tümgeneral - Abdullah Gavramoğlu: Tümamiral Hücumbot Filo Komutanı - Muammer AYDIN - Nurettin Işık: Tekirdağ Şarkışla 95. Zırhlı Tugay Komutanı Tuğ. - Hakan AKKOÇ: 55. Mekanize Piyade Tugay Komutanı Tuğ. - Türkan ERTüRK: Deniz Harp Okulu Komutanı Tuğamiral - Serdar Okan KIRÇİÇEK: DKK Plan Prensipler Başkanı Tuğ. - Ahmet TüRKMEN: Denizaltı Filosu Komutanı Tuğamiral - Muhsin ERDAL - Fatih ALTUN Kurmay Albay - Kazım ERDEM - Gökhan GüNEY - Doğan DÖNMEZ VATAN