Silahlı terör örgütünü yönetmekle suçlanan Kemal ve Neriman Aydın, Ergenekon'un ihtiyaç duyduğu operasyonel gücünü temin için Karargâh Evlerini kurmuş. İddianameye göre, yapılanmada görevli teğmenler Mehmet Ali Çelebi ve Noyan Çalıkuşu, Kemal ve Neriman Aydın'ın talimatıyla terör örgütü Hizbuttahrir'e sızarak örgütü yönlendirmeye çalışmış. Kemal ve Neriman Aydın'ın, Durmuş Ali Özoğul'a bağlı olarak, Hamza Demir ve Ercüment Ovalı'nın da yardımıyla TSK ve harp okullarına sızma ve örgütlenme faaliyetlerine doğrudan katıldıkları iddia ediliyor. Harp okullarına önceden yerleştirdikleri elemanlar vasıtasıyla, irtibata geçtikleri askerî öğrencileri kendi evlerine veya bu amaçla kiraladıkları evlere getirdikleri, öğrencilere Ergenekon'un fikrî ve ideolojik altyapısını aşıladıkları belirtiliyor. Teğmenler Mehmet Ali Çelebi ve Noyan Çalıkuşu, kendi arkadaşlarının da örgüte katılımını sağlamakla görevlendirilmiş. Örgüt kendi içinde yapılan görüşmelerin dinlenmemesi için de Mehmet Ali Çelebi tarafından temin edilen 'özel hat'ı kullanmış. Ayrıca Çelebi ve Çalıkuşu, bazı Hizbuttahrir üyeleriyle irtibata geçerek örgütün gizli toplantılarına katılmış. Örgütle alakalı tüm bilgi ve raporları Kemal ve Neriman Aydın'a ulaştırmış.