Eski Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Şener Eruygur'un görevi sırasında ihale yolsuzluğu iddiaları sebebiyle Genelkurmay Askerî Savcılığı'na savunma verdiği ortaya çıktı. Ergenekon soruşturmasıyla ilgili ikinci iddianamenin ek klasörlerinde konuyla ilgili belgeler yer alıyor. Ergenekon sanığı emekli Hakim Albay Tanju Güvendiren'in bilgisayarlarında yapılan incelemede Eruygur'un 7 maddelik savunması bulundu. Güvendiren, savcıların belgeyle ilgili sorularına, "Kendisi Genelkurmay Askerî Savcılığı'na sunduğu dilekçesini gösterip fikrimi sordu." karşılığını verdi. Güvendiren, el konulan bilgisayarın avukat H.G.B.'ye ait olduğunu, Eruygur'un savunmasını bu bilgisayarda incelemiş olabileceklerini söyledi. Eruygur'un askerî savcılığa verdiği savunmada şu ifadeler yer alıyor: "Bana verilen bilgi ve belgeler doğrultusunda yüzde 75,60 oranındaki iş artışıyla ilgili bakanlık onayı hazırlatmam 2886 sayılı Devlet İhale Kanunu'nun 63. maddesine uygun olup, hukuka aykırılık ve usulsüzlük söz konusu değildir." Özel Kuvvetler Komutanlığı inşaatına ilişkin soruşturma süreci Genelkurmay Başkanlığı'na gelen ihbar mektuplarıyla başlamıştı. Komutanlığın inşaatını yürüten müteahhit Ali Osman Özmen tarafından çeşitli usulsüzlükler yapıldığı ve bazı komutanların buna göz yumduğu iddia ediliyordu. Bunun üzerine dönemin Genelkurmay Başkanı Orgeneral Hilmi Özkök soruşturma talimatı verdi.