İkinci iddianamenin ek klasörlerinde, eşinden aldığı bilgileri gazetecilere veren Paksüt'ün, Anayasa Mahkemesi üyelerinin özel hayatlarıyla ilgili olumsuz haberler yapılması konusunda bazı basın mensuplarıyla sıkı bir diyalog içerisine girdiği belirtiliyor. Ferda Paksüt hakkında şu ifadeler kullanılıyor: "Örgütün kaos ortamı meydana getirilmesi yönündeki amacını ve Turhan Çömez ile Hurşit Tolon'un örgütsel konumlarını bilerek, Anayasa Mahkemesi'nin gündeminde bulunan AK Parti'nin kapatılmasıyla ilgili gizli bilgileri şüphelilere verdi, yine toplumda kargaşaya neden olmak amacıyla gerçekte olmayan bilgileri basına sızdırdığı, böylece örgütün amaçlarının gerçekleşmesine bilerek ve isteyerek yardım etti." 99. ek klasörde Paksüt'ün Anayasa Mahkemesi başkan vekili olan eşinden öğrendiği 'içeriden' bilgileri, örgüte aktardığı belirtiliyor. 30 Temmuz. 2008'de Y.A. adlı kişiyle Paksüt arasında geçen telefon konuşmasında, "Ben Ferda yanlış bilgiymiş, 6'ya 5 kapanmamış." diyor. Y. ise 'Kapanmamış kesin değil mi?' karşılığını veriyor. Bayan Paksüt ise cevaben, "Evet şimdi Osman'la konuştum. Ben de size bir iki konuda şey vereceğim onları araştır." ifadesini kullanıyor. Ek klasörlerde Paksüt'ün, Anayasa Mahkemesi başkanı ve üyelerine yönelik karalama, iftira ve yıpratma faaliyetleri gerçekleştirdiği ve böylelikle yargılama sürecine müdahale etmeye çalıştığı, Mahkeme üyelerini takip ettirip fotoğraflarını çektirdiği ve bunları yıpratmak amacıyla kullandığı idida ediliyor. Tolon ile görüşen Çömez'in, onun talimatıyla Paksüt'ü aradığı ve aldığı bilgileri Tolon'a aktardığı iletişim tespit tutanaklarından anlaşılıyor. Savcılığın yaptığı değerlendirmede, "Ergenekon'un kapatma davasını kaos ortamı oluşturmak amacıyla kullandığı, örgütün siyasi yapılanmasında yer alan Çömez'e bu konuda görev verildiği, onun da şüpheli Paksüt'le örgütsel irtibata geçtiği anlaşılmaktadır." deniliyor.