1971 muhtırasında hakkında işlem yapıldı, 12 Eylül'de tutuklandı, 28 Şubat sürecinde ise camide dua yaptırdığı gerekçesiyle 84 yaşında iken hakkında dava açıldı. Halis Emek, darbecilerin yargılandığını göremeden 2011 yılında vefat etti. Hem 12 Eylül darbecilerine dava açılması hem de 28 Şubat sürecini tertipleyenler hakkında soruşturma başlatılması Halis Emek'in ailesini de umutlandırdı. Yaşadıkları acıların bir nebze olsun hafifleyeceğini ve adaletin yerini bulacağını ümit eden Muhammed Emek (56), babasının yaşadıklarını anlatırken duygu yüklü anlar yaşıyor: "Babam her darbe ve muhtıradan nasibini aldı. 12 Eylül döneminde babamın yaşadıklarından dolayı annemin psikolojisi bozuldu. Kısa süre sonra da vefat etti. Bu süreçte benim de psikolojim altüst oldu. 56 yaşımdayım, halen daha jandarma ve gardiyan gördüğümde korkuyorum." Halis Emek, Erzurum Çat ilçe müftülüğü görevini yürütürken 27 Mayıs 1960 askerî darbesi gerçekleşiyor. Demokrat Parti lehinde konuştuğu için görevden alınan Emek, mahkemede beraat etse de görevine iade edilmiyor. 1971 muhtırasında adres yine Emek'in evi olmuş Halis Emek, 1960 darbesinden sonra 1971 muhtırasından da nasibini alıyor. 'Ramazan, hilalle başlar hilalle biter şeklinde fetva vermişsin hoca' deyip, hakkında işlem başlatılıyor. 1980 askerî darbesinde de kimse gerekçe aramaya ihtiyaç duymuyor; 'Seni ve iki oğlunu almamız lazım' diyerek götürüyorlar Halis Hoca'yı. İki oğluyla birlikte 15 gün tutukevinde, 15 gün de hapiste kalıyorlar. Tutuklanan diğer insanlarla birlikte Erzurum'un doğusunda şehre 10 kilometre uzaklıktaki yerde tutulduklarını anlatan Muhammed Emek, annesinin yaşadıklarını ise şu sözlerle aktarıyor: "Annem, her sabah uyanıp babamın tutulduğu yere; kocamı görürüm ümidiyle saatlerce yürüyerek gidiyordu. Gelir, kapıda akşam eder, çaresizce eve tekrar geri dönerdi. Kadıncağız artık, çaresiz ve bitap düşmüştü. Bedeni acılara dayanamadı. Kısa süre sonra da Hakk'ın rahmetine kavuştu." Sonunda Emek ve iki oğlu suçsuz bulunarak serbest bırakılıyor ama hayatlarının bundan sonraki kısmı da göz hapsinde geçiyor. 28 Şubat sürecinde ise, ülkede başörtüsü problemi, irtica paranoyaları dolaşırken, insanların kılık kıyafetlerine yönelik baskı ve müdahale artık had safhaya çıkıyor. Sabrı taşan Erzurum halkı, 84 yaşındaki hocaya gelip; 'Hoca, sabah namazlarından sonra bize dua ettirir misin? Bizim kılığımız kıyafetimiz budur, biz bundan vazgeçmek istemiyoruz.' diyor. Hoca, sağlık durumu elvermemesine rağmen bu isteği kıramıyor ve her sabah namazı sonrası Ulu Cami'de halkın katılımıyla toplumun rahata kavuşması için dua ettiriyor. Bu icraatıyla Emek hakkında insanları örgütlediği ve eylem yaptırdığı gerekçesiyle dava açılıyor. Mahkeme, o dönem dosyanın içeriğine bakarak davanın düşürülmesine karar veriyor, ancak Emek ailesinin göz hapsi devam ediyor. Babasının, yaşadığı sıkıntılar karşısında dik duruşunu hiçbir zaman bozmadığını anlatan Emek, darbeciler hakkında açılan davalara da müdahil olmak istiyor.