Çetin Doğan, Balyoz davasının 17 Ocak 2012 tarihli duruşmasında, "Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü terör üretme merkezi haline gelmiştir…" diye başlayan sözleri yüzünden, devletin emniyet kuvvetlerini alenen aşağıladığı iddiasıyla hakim karşısına çıktı. 6 aydan 2 yıla kadar hapsi istenen Çetin Doğan, Silivri 2. Sulh Ceza Mahkemesi'ndeki duruşmada, kimlik tespiti yapıldığı sırada hakimin mesleğini sorması üzerine "Teröristim" şeklinde cevap verdi. Doğan'ın daha sonra, "Emekli orgeneral olduğumu biliyorsunuz değil mi?" demesi üzerine tutanağa mesleği bu şekilde geçirildi. Doğan, 11 sayfadan oluşan ve savunmasını içeren yazılı dilekçesini okumaya devam ediyor.