Ömer Faruk Eminağaoğlu, Türkiye Cumhuriyeti'nin savcılarından sadece biri. Ancak bugüne kadar verdiği hukuki kararlarla değil, yaptığı siyasi açıklamalarda gündeme geldi. Türkiye onun adını Ergenekon ve Balyoz davalarıyla birlikte duymaya başladı. YARSAV başkanı sıfatıyla bulduğu her fırsatta, 'darbeye teşebbüs'ten yargılanan sanıklara destek açıklamaları yaptı, yapılan gözaltı ve tutuklamaların hukuksuz olduğunu ileri sürdü, gözaltı ve tutuklama kararı veren hakim ve savcıları yerden yere vurdu. Operasyonlarda ele geçirilen cephanelik ve bombaların kamuoyuna açıklanmasına sert tepki gösterdi. Çıktığı her televizyon kanalında Ergenekon soruşturmasını yürüten savcı ve davaya bakan hakimlerin değiştirilmesi gerektiğini bağıra bağıra anlattı. İktidara yönelik ağır ifadeler kullandı. Öyle ki, dönemin adalet bakanı Mehmet Ali Şahin, 12 Ocak 2009'da Yargıçlar ve Savcılar Birliği'nin 'savcılar ve yargıçlar partisi' haline dönüştüğünü söyledi. İşte o Eminağaoğlu bugün CMK'da yapılması planlanan değişikliğe destek veriyor. Şu ifadeleri kullanıyor: "Eğer bir düzenleme yapılacaksa, bu mahkemelerin sadece tabelası değiştirilmemeli. Bu mahkemeler tamamen kapatılarak Türkiye'nin gündeminden çıkarılmalı. O yargıç ve savcılar başka görevlere atanmalı. Bugünkü davaların yargıç ve savcıları ağır ceza yargıç ve savcıları olmasın."