Genelkurmay Başkanlığı, Kara Propaganda amacıyla kurulan internet sitelerinin faaliyetleriyle ilgili Başbakanlık ve MGK'ya hiçbir şekilde rapor sunulmadığını bildirdi. Başbakanlık ve Milli Savunma Bakanlığı da sitelerle ilgili hiçbir direktif verilmediğini kaydetti. Aralarında eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'un da yer aldığı Andıç davası sanıkları, faliyetlerinin MGK ve Başbakanlık direktiflerine dayanan yasal uygulamalar olduğunu savunuyordu. Andıç soruşturması ilk başladığında dönemin Genelkurmay Adli Müşaviri şimdinin Andıç davası tutuklu sanığı Tümgeneral Hıfzı Çubuklu, sitelerin Başbakanlık emriyle kurulduğunu iddia etmiş, Başbakanlık yalanlayınca da Ecevit döneminde sözlü direktif verildiği iddia edilmişti. Ergenekon soruşturması kapsamında açılan İnternet Andıcı davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, Genelkurmay Başkanlığı tarafından işletildiği ve takip edildiği bildirilen sitelerle ilgili olarak 2006'dan sonra 4'er aylık periyotlarda MGK veya Başbakanlığa sunulmak üzere bir rapor hazırlanıp hazırlanmadığını sormuştu. Genelkurmay mahkemeye gönderdiği yazıda “Genelkurmay Harekat ve İstihbarat Başkanlıkları ile Genel Sekreterliği kayıtlarına göre, doğrudan MGK veya Başbakanlığa sunulmak üzere hazırlanan ve gönderilen bir rapor bulunmamaktadır” ifadelerine yer verildi. Başbakanlık ve MGK direktifiyle kurulan sitelerle ilgili bu kurumlara rapor verilmemesinin devlet işleyişine aykırı olduğu, rapor sunulmamamış olmamasının da bir direktifin olmadığının göstergesi olduğu belirtildi. Yine mahkemenin Başbakanlık ve Milli Savunma Bakanlığı'na sitelerin kurulması, işletilmesi ve bu sitelerdeki yayınların yer alması yönünde herhangi bir somut direktif bulunup bulunmadığı sorusuna her iki kurumdan gelen yanıtlar da dava dosyasına girdi. Başbakanlık Güvenlik İşleri Genel Müdürlüğü cevabında “Belirtilen internet sitelerinin kurulması, işletilmesi ve bu sitelerde iddianameye konu yayınların yer alması yönünde hiçbir direktif verilmemiştir” denilirken, Savunma Bakanlığı'nın yanıtında da “İnternet sitelerinin kurulması, işletilmesi ve bu sitelerde iddianameye konu yayınların yer alması yönünde MSB'lığınca verilmiş herhangi bir direktif bulunmamaktadır. MSB'lığının bu yönde bir görev ve faaliyeti de söz konusu değildir” ifadelerine yer verildiği görüldü.