Genelkurmay Başkanlığı, soruşturma ile ilgili haber ve iddialarda kamuoyunun yanlış şekilde yönlendirilmesi sonucuna neden olabilecek unsurlar bulunduğundan, Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 187’nci maddesinde düzenlenen soruşturmanın gizliliği ilkesine zarar vermeyecek nitelikte açıklama yapılması zarureti ortaya çıktığını bildirdi. İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülmekte olan bahse konu soruşturmanın 2010 yılında başladığı belirtilen açıklamada, “Söz konusu soruşturma kapsamında bugüne kadar hiçbir TSK personeli casusluk suçu iddiası ile tutuklanmamıştır. Tutuklama kararlarından, personelin örgüt üyeliği/ gizli bilgi ve belge bulundurmak suçlarından dolayı tutuklanmalarına karar verildiği anlaşılmaktadır. Soruşturmanın gizliliği sebebiyle hakkında işlem yapılan TSK personelinin gizli belgeleri elde edip etmedikleri, etmişler ise hangi personelin hangi tarihte hangi belgeleri elde ettikleri, bu belgeleri hangi maksatla bulundurdukları konularında Genelkurmay Başkanlığında bilgi ya da belge bulunmamaktadır.” denildi. Bahse konu hususların yürütülmekte olan adli soruşturma sonucunda tespit edilebileceği belirtilen açıklamada, şunlar dile getirildi: “Henüz soruşturma tamamlanmamış iken 400 personelin casus olarak yansıtılması her şeyden önce ilgili personel bakımından anayasa ile güvence altına alınan masumiyet karinesine aykırılık teşkil etmektedir. Soruşturma tamamlandığında vakıf olunan bilgi ve belgeler kapsamında, ilgili personel hakkında idari ya da adli yönden işlem yapılmasını gerektiren bir durum ortaya çıkması halinde, TSK olarak gerekli yasal işlemler yapılabilecektir.” TSK’nın hukukun üstünlüğüne ve kanunlara saygıyı ilke edindiği vurgulanan açıklamada, “Terörle mücadelenin yoğun olarak devam ettiği bir ortamda ilgili-ilgisiz her olgunun TSK’nın ve personelinin yıpratılması amacıyla kullanılmasından üzüntü duymaktadır.” ifadelerine yer verildi.