Kadıköy Cumhuriyet Savcısı Selahattin Aydoğdu, 28 Kasım 2011 tarihinde Haydarpaşa Garı'nda meydana gelen yangına ilişkin soruşturmayı tamamlayarak iddianameyi hazırladı. İddianamede, daha önce İstanbul Büyükşehir Belediyesi (İBB) İtfaiye Müdürlüğü tarafından hazırlanan raporda, yangının elektrik tesisatında meydana gelen kısa devreden kaynaklandığı belirtilmiş ise de, bilirkişi raporunda, yangının elektrik kontağından kaynaklanmadığı tespiti yer alıyor. Yangının çıkışının sabotaj ve kasıt sonucu olmadığı ifade edilen iddianamede, bilirkişi raporuna göre, garın çatısında izolasyon çalışması yapan 2 işçinin dikkatsizlik ve tedbirsizlik sonucu yangını çıkardığı anlatılıyor. İddianamede, bu nedenle 2 işçi ve izolasyon çalışmasını yürüten şirketin sahibinin, Türk Ceza Kanunu'nun 171. maddesindeki ''taksirle yangına sebebiyet vermek'' suçundan 3 aydan 1 yıla kadar hapis cezası ile cezalandırılmasını isteniyor. Öte yandan, inşaat mühendisi bir öğretim görevlisi, bir elektrik mühendisi, bir kimya mühendisi ile yangın uzmanından oluşan 4 kişilik bilirkişi heyeti raporunda, TCDD yetkilileriyle, yangına müdahale eden itfaiye ekibinin de kusurlu olduğuna ilişkin görüş bildirildiği öğrenildi. Bu kişilerin kamu görevlisi olması ve haklarında soruşturma açılması için izin alınması gerektiği, bu nedenle dosyalarının ayrıldığı bildirildi. İddianamenin mahkemece kabul edilmesi halinde, 2 işçi ile şirket sahibi, 23 aydan 1 yıla kadar hapis cezası istemiyle yargılanacak. Haydarpaşa Garı çatısında, 28 Kasım 2010 tarihinde izolasyon çalışması sırasında yangın çıkmış, yangın karadan ve denizden yapılan müdahalelerle söndürülmüştü. Çıkan yangında, tarihi binanın çatısı tamamen yanmıştı.