MİT Müsteşarı Hakan Fidan, eski müsteşar Emre Taner ve eski müsteşar yardımcısı Afet Güneş’in ifadeye çağrılmasının ardından MİT Müsteşarlığı savcılığa yazı gönderdi. MİT Müsteşarının ifadeye çağrıldığının belirtildiği yazıda, "Söz konusu iddialar görev suçu kapsamına girmektedir. Kanuna göre görev suçu ile ilgili konularda Başbakanlık’tan soruşturma için izin alınması gerekmektedir" denildi. Soruşturma için Başbakanlık'tan izin alınmadığının belirtildiği yazıda soruşturma ile ilgili İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı’nın yetkisiz olduğu ifade edildi. Yazıda, Ankara’da bir soruşturma olduğu ve dosyanın Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı’na gönderilmesi istenildi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, MİT’in söz konusu itirazları ve taleplerini incelemeye aldı.