Soruşturmayı, 28 Şubat, Kozmik Oda ve Faili Meçhul Cinayetler davalarının savcısı Mustafa Bilgili yürütecek. Bilgili'nin eldeki deliller ile önceki soruşturma dosyası üzerinden örgüt bağlantısını araştıracağı bildirildi. İnceleme sonucunda, Atabeyler grubunda örgüt tespit edilirse dava açılabilecek. Mahkeme, Atabeyler davasına ilişkin gerekçeli kararında, örgütün varlığını kabul ederken sanıklara neden ceza verilmediğini açıkladı. Savcılığın sanıklara Türk Ceza Kanunu'nun 'silahlı terör örgütü kurmak suçundan' dava açmadığı belirtildi. Ancak sanıkların örgüt kurma ve kurulan örgüte üye olmak suçlarının kesinleştiği vurgulandı. Mahkeme, gerekçeli kararını gönderdiği Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na yeni bir soruşturma açılması için yazı yazdı. Bunun üzerine harekete geçen Terörle Mücadele Kanunu 10. maddeyle yetkili Ankara Cumhuriyet Başsavcı Vekilliği'nin, Atabeyler Grubu hakkında terör örgütü kurma suçunun soruşturulması için önceki gün soruşturma başlattığı bildirildi. Soruşturma görevinin, 28 Şubat, Kozmik Oda ve Faili Meçhul cinayetler soruşturmasını yürüten savcı Mustafa Bilgili'ye verildiği kaydedildi. Bilgili'nin, öncelikli olarak zamanaşımı tehlikesi nedeniyle Atabeyler Grubu'na yönelik çete soruşturmasına öncelik vereceği belirtiliyor. Mahkemeye yazı yazarak dosyayı ve delilleri isteyecek olan Bilgili'nin davada yargılanan sanıkların ifadesine de soruşturma kapsamında başvuracağı kaydedildi. Deliller ile önceki soruşturma dosyası üzerinden örgüt bağlantısını araştıracağı aktarıldı. Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'a suikast planları ve çok sayıda patlayıcı ile yakalanan 9 sanık hakkında Türkiye Cumhuriyeti hükümetini görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs suçu için anlaşmak' suçundan Ankara Özel Yetkili 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nde dava açılmıştı. Mahkeme, davada ilginç bir karara imza atarak sanıklara sadece patlayıcı madde bulundurmaktan ceza vermişti. Savcılık 3 Şubat 2011 tarihli mütalaasında sanıkların TCK'nın 314. maddesindeki terör örgütü kurma ve üyeliği suçundan cezalandırılmasını istemişti. Davada, Başbakan Erdoğan'a suikast iddiasıyla yargılanan sanıklar hakkında 'suç için anlaşmak' suçunun oluşmadığına karar veren mahkeme, dönemin Özel Yetkili Cumhuriyet Savcısı Salim Demirci'nin mütalaası doğrultusunda hükmünü açıklayarak 4 sanık hakkında izinsiz patlayıcı madde bulundurmak ve nakletmek suçundan 3 ile 5 yıl arasında hapis cezasına hükmetmişti. Atabeyler Grubu'na yönelik iddianameyi o dönem özel yetkili Ankara Cumhuriyet Başsavcı Vekili Hamza Keleş ile savcı Dilaver Kahveci hazırlamıştı. Sanıklara 'Türkiye Cumhuriyeti hükümetinin görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs için anlaşmak' suçundan TCK'nın 316. maddesine göre dava açılmıştı. Dönemin duruşma savcısı Salim Demirci, 30 Mayıs 2007'de verdiği esas hakkındaki görüşte, sanıkların, "Türkiye Cumhuriyeti hükümetinin görevlerini kısmen veya tamamen engellemeye kalkışmak amacıyla anlaşmak" suçundan delil yetersizliğinden beraatlarına karar verilmesini istemişti. Sanıklar Murat Eren, Yunis Akkaya, Erkut Taş ve Yasin Yaman'ın, "patlayıcı madde bulundurmak" suçundan cezalandırılmasını talep eden savcı, Akkaya ve Taş'ın ayrıca "ruhsatsız tabanca bulundurmak ve satmak" suçundan hapsini istemişti. Mahkeme heyeti de 2007 deki savcı Demirci'nin mütalası yönünde karar vererek sanıkları cezalandırmıştı. Asker sanıklara ayrıca askeri mahkeme tarafından hapis cezası verilmişti.