Cumhuriyet tarihinin en büyük dava süreci 12 Haziran 2007'de İstanbul Ümraniye'de başladı. İhbar üzerine harekete geçen polis ekipleri, müstakil bir evin çatı katında 27 adet el bombası ele geçirdi. Bombalar, adı yıllardır duyulan ama nasıl bir örgüt olduğu bilinmeyen Ergenekon'a aitti. Bombalar, Türkiye'nin derin yapılanmasıyla hesaplaşmasının adeta ateşleyicisi oldu. El bombalarının bulunmasının ardından 22 Ocak 2008'de Emekli Tuğgeneral Veli Küçük'ün de aralarında bulunduğu 33 kişi gözaltına alındı. Operasyonun adı "Ergenekon"du. Davanın ilk iddianamesi 25 Temmuz 2008'de kabul edildi. Ardından 2. ve 3. iddianameler hazırlandı. Davada sanık Kemal Alemdaroğlu, Mehmet Haberal, Tuncay Özkan, Mustafa Balbay ve Emekli Orgeneral Şener Eruygur kamuoyunun yakından tanıdığı isimlerdi. Davada en önemli gelişme, kanlı Danıştay saldırısı ile Ergenekon davasının birleştirilmesi oldu. Savcı, iddianamede korkunç cinayetin Ergenekon Örgütü'nün en kanlı eylemi olduğunu yazdı. Türkiye'yi ahtapot gibi saran karanlık yapı darbeye zemin hazırlamak istemişti. Peki sanıklar ne ile suçlanıyordu? Bu sorunun cevabı iddianamede aynen şöyle geçti. ERGENEKON İDDİANAMESİ "ÖRGÜTÜN YAKIN AMACININ, ÜLKEDE YÖNETİM ZAFİYETİ OLUŞTURACAK DERECEDE EYLEMLER YAPIP, KAMU DÜZENİNİ BOZACAK KARGAŞA ORTAMI MEYDANA GETİRMEK, HUKUK DIŞI BİR MÜDAHALE İLE YÖNETİMİ ELE GEÇİRMEK OLDUĞU TESPİT EDİLMİŞTİR" Sürece damgasını vuran olay ise Genelkurmay Eski Başkanı İlker Başbuğ'un tutuklanması oldu. Başbuğ, Ergenekon yöneticiliği ile suçlanıyor. Başbuğ'un tutuklanmasına, Albay Dursun Çiçek imzalı millete komplo belgesi ve internet andıcı süreci sebep oldu. Çünkü sanıklar ifadelerinde sürekli olarak Başbuğ'u işaret ediyordu. Ergenekon Davasına sonradan dahil edilen Başbuğ, ilk iki duruşmaya katıldıktan sonra savunma yapmayacağını söyledi. Daha sonra da duruşmalara katılmadı. Bu arada, davada Eski Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök de tanık olarak ifade verdi. Özkök, 2003 yılındaki bir toplantıda "Muhtıra"nın konuşulduğunu söyledi. Şu anda davada 250. duruşmaya gelindi. Sanıkların savunmaları tamamlandı. Tanıkları dinliyorlar. Bu aşamadan sonra savcının sanıklarla ilgili mütalasına geçilecek. Mahkeme daha sonra sanıkların son savunmalarını alıp kararını açıklayacak.