O dönem yaşadığı adli psikolojik ve fiziki işkence sürecini Zaman'a anlatan Kaya, başörtüsü yasağına muhalefet ettiği bir yazısından dolayı 312'den yargılanarak 20 ay hapis cezası aldığını söyledi. 1999'da İnönü Üniversitesi'nde başörtüsü yasağı sebebiyle derslere alınmayan üniversiteli öğrencilerin yürüyüşlerine destek veren imam hatip liseli 3 kızının da okullarından atılarak Malatya Terörle Mücadele Şubesi'nde sorgulandığını söyledi. Kaya, kızlarını cezaevine götüren skandal süreci şöyle özetledi: "Başörtüsü eylemlerine katılan kızlarım, terörist gibi muamele gördü. Üstelik ortanca kızım İntisar, Terörle Mücadele Şubesi'ndeki sorgusunda başörtüsünün çıkartılması istenerek şube komiseri tarafından darbedildi. Yanıma geldiğinde pardösüsü kan içindeydi ve arkadaşlarıyla beraber elleri ve gözleri bağlı olarak hücrelerde tutulmuşlardı. Daha sonra benimle birlikte kızlarım Nurulhak (18), İntisar (17), Nurcihan (16) tutuklandı. Malatya Cezaevi'nde kaldığımız 7 ay boyunca idamla yargılandık. Ben ve kızlarımın dahil olduğu 75 kişi hakkında Devlet Güvenlik Mahkemesi'nde (DGM) idam davası açıldığını koğuşa getirilen günlük gazetelerden öğrendik. Ama ümitsizliğe kapılmadık. Rabb'imize sığındık. Üç kızımı ayrı cezaevine gönderdiler. Biri Bakırköy Kadın ve Çocuk Tutukevi'nde, diğerleri de Bandırma ve Konya Akşehir'deydi. Daha sonra kızlarım Toplantı ve Gösteri Yürüyüşleri Kanunu'na muhalefetten ceza aldılar. Kararın Yargıtay tarafından onanıp yürürlüğe girmesi 2003 yılına sarkınca, 1999 yılında başlayan tutuklama 2004 yılında son buldu." Yazar Hüda Kaya, 28 Şubat'ta başörtüsüne verdikleri destekten dolayı her defasında kendilerine dava açan dönemin Malatya Cumhuriyet Başsavcısı Ahmet Kelebek'in ismini yıllar sonra Balyoz darbe planında gördüğünü de açıkladı. "Balyoz darbe planında ele geçirilen belgelere göre, eğer darbe gerçekleşseydi bizi yıllar önce sürekli hapislere gönderen savcı Sayıştay üyeliğine atanmış olacaktı." diyen Kaya, bütün darbecilerle olduğu gibi 28 Şubat cuntasıyla hesaplaşmadan Türkiye'nin adalete öncülük edemeyeceğini dile getirdi: "Cuntanın önemli aktörlerinden Çevik Bir'in tutuklanması, halka zulüm yapanların kaçınılmaz sonuçlarıdır. İnşallah bu dava sembolik olarak bırakılmaz. Çünkü insanları inançlarından, kimliklerinden, ırklarından, düşüncelerinden dolayı özgürlüklerini engelleyenler, zulmedenler, mahrum bırakanlar elbet yargılanmalıdır.'' ZAMAN