Buna göre, istihbarat birimlerine, 'misyonerlikle mücadelede yasal sınırların dışına çıkılabileceği' mesajı verildi. Söz konusu gelişme Ergenekon sanığı emekli Albay Hasan Atilla Uğur'un Ankara'daki evinde 1 Temmuz 2008'de yapılan aramalara dayanıyor. Evde çıkan notlar istihbarat personeline derslerde nelerin anlatıldığını gözler önüne seriyor. Notlarda, "Misyonerlik faaliyetlerini yasal yoldan engelleme imkânı ortadan kalkmıştır" deniliyor. Ergenekon davası sanığı emekli Albay Hasan Atilla Uğur'un Beytepe Jandarma Okulları Komutanlığı'ndaki 'İl Jandarma Komutanlığı' kursunda kursiyerlere dağıtılan istihbarat notları olduğunu söylediği belgelerde, misyonerlikle mücadelede yasa dışı yollara başvurulmasının şart olduğu vurgulanıyor. Evde bulunan CD ve DVD'lerde, azınlıklara yönelik geniş kapsamlı araştırmalar da bulundu. Burada diyalog faaliyetlerinin de büyük bir tehdit olduğu konusu işleniyor. Metinlerde misyonerlere karşı propaganda unsurlarının geliştirilmesi isteniyor. Emekli Albay Uğur, 'Ders notlarım Zirve katliamında delil oldu' şeklinde çarpıtma söylemlerle davayı çürütmeye çalışırken ilginç bir gerçek ortaya çıktı. Hikmet Çiçek de önceki gün Aydınlık gazetesindeki köşesinde 'Ders notları delil oldu' şeklinde masum notların iddianameye girdiğini iddia ederek iddianamenin geçersiz olduğunu ileri sürdü. Çiçek, Albay Uğur'un şu sözlerine yer verdi: "Bu yansılar 2004 yılı Ağustos ayında Beytepe Jandarma Okulları Komutanlığı'nda verilen 'İl Jandarma Komutanlığı' kursunda kursiyerlere dağıtılan istihbarat ders notlarıdır. 1 Temmuz 2008'de Ankara'daki ikametgâhımda el konulan CD'lerde bulunan bu ders notları 2009/191 esas sayılı dava iddianamesi eklerinde yazılmış ve herhangi bir suç unsuru bulunmadığı belirtilerek bu hususta suç isnadında bulunulmamıştır. Resmi ders notu olduğunu çocukların bile anlayabileceği yansıları, Zirve davasına delil olarak koymak, iddianameyi hazırlayanların zorda olduklarının göstergesidir." Malatya'da 18 Nisan 2007 tarihinde Zirve Yayınevi'nde çalışan Alman uyruklu Tilman Ekkehart Geske ile Necati Aydın ve Uğur Yüksel bıçaklanarak öldürülmüştü. Olaya ilişkin hazırlanan ve Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen iddianamede emekli Orgeneral Hurşit Tolon, eski Malatya Jandarma Alay Komutanı emekli Albay Mehmet Ülger ve Binbaşı Haydar Yeşil 'terör örgütü yöneticiliği' ile suçlanıyor. Tolon, Ülger ve Yeşil için ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası isteniyor.