İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, 31 Mayıs 2010'da Mavi Marmara gemisine saldırarak, 10 Türk vatandaşının ölümüne, pek çok aktivistin de yaralanmasına neden olan İsrailli askerler için takipsizlik kararı verdi. İsrail ile Türkiye arasındaki anlaşma karara gerekçe gösterilirken savcılık kamu adına kovuşturmaya yer olmadığına hükmetti.

İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, operasyon talimatını veren İsrailli dört üst düzey komutan hakkında 9'ar kez müebbet hapis cezası istemiyle dava açmış, kırmızı bülten çıkartılmasına karar vermişti. Ancak kırmızı bülten kararları Interpol'e gönderilmedi. Anlaşma imzalandıktan sonra da İstanbul 7. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen dava düşürüldü. Fakat saldırıyı gerçekleştiren ve kimlikleri belirlenemeyen askerlerle ilgili soruşturma ayrı yürütülüyordu. Başsavcılık isimleri bile belirlenemeyen askerler hakkındaki soruşturmanın da kapatılmasına hükmetti. Takipsizlik kararında davanın da aynı anlaşma gereğince düşürüldüğü hatırlatıldı.

İsrail ile Türkiye arasındaki anlaşmada saldırı ‘konvoy hadisesi' olarak tanımlanırken anlaşmanın 4'. maddesinde "Her halükarda bu anlaşma İsrail'in, İsrail adına hareket edenlerin ve İsrail vatandaşlarının Türkiye Cumhuriyeti veya Türk gerçek veya tüzel kişileri tarafından konvoy hadisesi ile ilgili olarak kendilerine yönelik doğrudan ya da dolaylı olarak Türkiye'de yapılmış ve yapılacak her türlü hukuki ya da cezai talebe ilişkin her türlü sorumluluktan tamamen muaf tutulmalarını sağlayacaktır" ifadesi yer almıştı.

Mahkemenin takipsizlik kararı hayatını kaybedenlerin yakınları ve tüm mağdurlara gönderildi. Anlaşma gereği Tel Aviv'den 20 milyon dolar tazminat alan Türkiye, davaların muhatabı haline geldi. Saldırıda yaralanan Zeki Kaya, Türkiye'ye 260 bin TL tazminat davası açtı. Yurt dışındaki mağdurlar dahil çok sayıda kişinin Türkiye'ye dava açacağı, miktarın 20 milyon doların çok üzerinde olacağı değerlendiriliyor.