Güneş’in Gaziantep 5. Ağır Ceza Mahkemesi’nde 2014 yılında “terör örgütü üyeliği” iddiasıyla yargılandığı dosyada, o dönem Başbakanlığa bağlı olan MİT Müsteşarlığı, “…ülke içinde veya dışında herhangi bir terör örgütü mensupları listesinde adlarının geçip geçmediği hususunda bilgiye rastlanmamıştır” bilgi notunu göndermiş ve bir süre sonra da dosyadaki üç sanık da tahliye edilmişti.
Hatay Cumhuriyet Başsavcılığı’nın 2017 tarihli iddianamesine göre sansasyonel eylem yapmak için Türkiye’ye gönderilen 2 IŞİD terör örgütü üyesinin canlı bomba düzeneğinde Güneş’in parmak izi tespit edildi.
İddianamede ayrıca, Güneş’in bu iki canlı bombayı “sansasyonel eylem yapmak” için gönderdiği ifade edildi.
Ahmet Güneş’in kuzeni İsmail Güneş ise 1 Mayıs 2016 tarihinde Gaziantep Emniyet İl Müdürlüğü önünde kendisini patlatmış ve bu saldırıda iki polis şehit olmuştu. Milli İstihbarat Teşkilatı’nın (MİT) Gaziantep’teki mahkemeye Güneş ve aynı dosyada birlikte yargılanan diğer iki sanık hakkında “…terör örgütü mensupları listesinde adlarının geçip geçmediği hususunda bilgiye rastlanmamıştır” notunu gönderdiği de ortaya çıkmıştı.
