Mustafa Koç'un cenazesine Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan ve eşi Emine Erdoğan, Başbakan Ahmet Davutoğlu, CHP Lideri Kemal Kılıçdaroğlu, MHP Grup Başkanvekili Oktay Vural, MHP Genel Başkan Yardımcısı Celal Adan'ın yanı sıra yanı sıra CHP eski Milletvekili Mehmet Haberal, Bülent Ecevit'in eşi Rahşan Ecevit, Tansu Çiller, Mesut Yılmaz, Eski Başbakan Yardımcısı Hüsamettin Özkan gibi eski siyasiler de yer aldı.  Başbakan Yardımcısı Numan Kurtulmuş, Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanı Berat Albayrak, Ulaştırma, Denizcilik ve Haberleşme Bakanı Binali Yıldırım, Dışişleri Bakanı Mevlüt Çavuşoğlu, Gençlik ve Spor Bakanı Akif Çağatay Kılıç, İstanbul Valisi Vasip Şahin, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Kadir Topbaş'ın yanısıra ABD Başkonsolosu John Bass de törendeydi.  En geniş katılım iş dünyasından oldu. Doğan Holding Onursal Başkanı Aydın Doğan ve kızı Doğan Holding Yönetim Kurulu üyesi Vuslat Doğan Sabancı, iş adamları Erdoğan Demirören, Nazif Zorlu, Yılmaz Ulusoy, Hüsnü Özyeğin, Mehmet Ali Aydınlar gibi isimler de Mustafa Koç'u son yolculuğuna uğurlayanlar arasındaydı.

Koç ailesinin sahip olduğu Ford, Tofaş, Otokar, Arçelik gibi şirketlerde çalışan işçiler de cenaze namazına katıldı, saf tuttu.

Fenerbahçe Kulübü cenazede, Başkanı Aziz Yıldırım ve kulübün yönetim kurulu üyeleriyle tam kadro hazır bulundu. Futbol Federasyonu Başkanı Yıldırım Demirören, eski Galatasaray Kulübü Başkanı Faruk Süren spor dünyasının tanınmış isimleri arasındaydı.

Cami avlusunda kurulan çadırda, Koç'un babası Rahmi Koç, annesi Çiğdem Simavi, kardeşleri Ali ve Ömer Koç, karısı Caroline Koç kızları Esra ve Aylin Koç taziyeleri kabul etti.

Mustafa Koç'un tabutunun üzerine Vehbi Koç'un eşi, babaanne Sadberk hanımın adına kurulan Sadberk Hanım müzesinde muhafaza edilen aileye ait Osmanlı sancağı örtüldü. Kırmızı renkli sancağın üzerinde “Hak ve gerçek olan kainatin sahibi Allah'tan başka ilah yoktur. Güvenilir ve sözünde sadık Muhammed O'nun elçisidir" anlamına gelen “Lâ ilâhe İllallâhu el-Melikü'l-hakku'l-mubîn Muhammedun resûlullâh sadiku'l-va'di'l-emîn" yazıyordu. Aile geleneğince, aynı sancak Vehbi Koç ve 2003 yılında hayatını kaybeden hala Sevgi Gönül'ün cenazelerinde de kullanıldı. 19. Yüzyıl sonu 20. Yüzyıl başlarına ait olan parça Sadberk Hanım Müzesi'nde sergileniyor.

Mustafa Koç'un tabutu başına resminin yanı sıra aile bireylerini temsil eden çiçek buketleri ile Fenerbahçe flamaları asıldı. Çiçek buketlerinden beyaz renkli olanı Mustafa Koç'un eşi Caroline, kırmızı renkli olanlar ise 2 kızı, Aylin ve Esra'yı temsil ediyordu. Ali Koç ve Ömer Koç'un cenaze namazı sırasında omuzlarında "Seni unutmayacağız Mustafa Koç" yazan atkı taktıkları görüldü. Ankaralı olan Mustafa Koç'un cenazesi başında seğmenler nöbet tuttu. Tabutu da seğmenlerin omuzladığı cenaze töreninde baba Rahmi Koç seğmenlerin teker teker ellerini sıkarak törene katılımlarından dolayı teşekkür etti.

Mustafa Koç'un cenazesinin Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Tatbikat Camisi'nin yeniden inşa edilmesinin ardından, bu camiden kaldırılan ilk cenaze olduğu öğrenildi. Caminin tamamlanması ve musalla taşı yerleştirilmesi gibi işlemler Mustafa Koç'un vefatının ardından hızla yapılarak cenaze törenine yetiştirildi. Cenaze namazını kıldıran İstanbul Müftüsü Prof. Dr. Rahmi Yaran da törende Koç ailesinin Marmara İlahiyat Fakültesi'ne verdiği önemi anlattı. Vehbi Koç'un vefatından itibaren, ailenin Ramazanlarda iftar verdiğini, Mustafa Koç'un da defalarca buraya geldiğini söyledi. Helallik alınmasının ardından Koç'un naaşı başta kardeşi Ali Koç olmak üzere omuzlara alınarak cenaze arabasına taşındı. Kardeş Ali Koç cenazeyi, cenaze aracına kadar omuzlarında taşıdı, bırakmadı. Cenaze defnedilmek üzere Zincirlikuyu Mezarlığı'na götürüldü.