Baykal'ın Ergenekon Operasyonu kapsamında İlhan Selçuk, Doğu Perinçek gibi isimlerin gözaltına alınmasıyla ilgili yaptığı açıklama şöyle: "AKP iktidarının ikinci döneminde kadrolaşmadan, kendi derin devletine geçmeye başlamıştır.. Bu yeni derin devlet kendi derin hukukunu oluşturuyor... Prensip olarak yargı sürecine saygımız var. Yargının bu konuda yapacağı değerlendirmeleri bütün Türkiye hızla beklemektedir. Elbette bu uygulama hükümetin, içişleri bakanlığının çok ciddi kapsamlı bir açıklama yapma ihtiyacını ortaya koymuştur. Ne oluyor? Nedir manzara niçin bunlar gerçekleşmiştir, bu konuda genel bir değerlendirmeyi kamuoyu beklemektedir. İyi bir tabloyla karşı karşıya değiliz. Elbette Türkiye'de hukuku demokratik düzeni tehdit eden ne varsa ortaya çıkması lazımdır. Bunun aydınlığa kavuşması hepimizi mutlu eder. Ama memleketin saygıdeğer düşünürlerini yazarlarını baskı altına almak için iktidar olanaklarının kullanılmasını hiç kimse kabul edemez. İşlerin bu aşamaya gelmiş olması, Türkiye'nin bundan sonra daha da ciddi sorunlarla karşılaşacağının işaretidir. Ama öyle anlaşılıyor ki, bütün bunlar planlanmış ve göze alınmış. Türkiye'nin bu noktaya gelmesinden üzüntü duyuyorum."