Çölaşan, bir yazısında Sezer'in Fazilet Partisi ve 'yobaz takımıyla birlikte hareket ederek YÖK'e zarar verdiğini kendine özgü gerekçelerle anlatıyor. Bir başka yazısında Çölaşan, Cumhurbaşkanını "Sezer'i giderek daha iyi tanıyoruz. İçine kapanık, başı önüne eğik, konuşmayan, ilişki kuramayan, herkesten kaçan, devlet yönetimine duygularını karıştıran, başbakanla bile küsen, sorumluluktan kaçınan biri. Çeşitli kesimleri karşısına almak istemeyen, açık tavır koyamayan bir kapalı kutu. O, kendisini Çankaya'ya seçtiren Ecevit'in bir yanılgısı" sözleriyle tanımlıyor. Boyuthaber isimli internet sitesinin haberine göre geçtiğimiz günlerde Hürriyet gazetesindeki işine son verilen Gazeteci-yazar Emin Çölaşan, Cumhurbaşkanı Ahmet Nejdet Sezer ile Ankara sokaklarında karşılaştı. Sezer, Barolar Birliği'ni ziyarete giderken, yolda Emin Çölaşan'ı gördü ve konvoyu durdurarak, Çölaşan'a geçmiş olsun dileklerinde bulundu. Çölaşan ve Sezer arasındaki samimi diyalog dikkat çekti. Emin Çölaşan, Bülent Ecevit hükümeti döneminde özellikle 2000-2001 yıllarında kaleme aldığı yazılarında Ahmet Nejdet Sezer hakkında ciddi eleştirilerde bulundu. Çölaşan, 23 Ağustos 2000 tarihli yazısında, "Ahmet bey kanun hükmünde kararnameyi bir kez daha geri çevirince, dinci basın bayram ilan etti. Ahmet Bey bir kez daha göklere çıkarıldı. Böylece, Türk siyaset tarihinde ilk kez yobaz takımıyla Atatürk'ün CHP'si aynı kulvara düşmüş oluyor. Tabii ki Ahmet Bey'e yağan övgüler bununla bitmiyor. Bir yandan PKK gazetesi de onu yüceltiyor, yere göğe sığdıramıyor. Fakat Ahmet Bey bu övgülerden rahatsız oluyormuş! Yakınlarına söylediğine göre bu kesimlerden övgü almak onu mutlu etmiyormuş! Vah vah! Kendini hiç üzmesin. Ancak bir şeyi iyi düşünsün. Örneğin son bir ayda hep kanun hükmünde kararnameyle uğraştı ve hükümete iyi bir gol atıp 'kişilik' sergilemenin peşine düştü. Bütün enerjisini bu konuya harcadı. Ama kabahat onun değil, hükümetin. Şimdi ''rejim düşmanlarını yüreklendirmiştir'' demekle iş bitmiyor. Ahmet Bey'i oraya biz seçtirmedik. Kendi düşen ağlamaz." 2 Haziran 2000'de 'Ciddiyetsiz Komisyonlar' başlıklı yazısında Çölaşan, Sezer'in Anayasa mahkemesinde Haşim Kılıç'ın başını çektiği gerici grubun oylarıyla başkan seçildiğini yazıyor. 'Bilanço' başlıklı yazısına, "Cumhurbaşkanı'nın ağzından hiç Atatürk lafı çıkmadı" diyor. 10 Ocak 2001'deki 'Bay Cumhurbaşkanı Okuyunuz' başlıklı yazısında, Sezer'in Fazilet Partisi ve 'yobaz takımıyla' birlikte hareket ederek, YÖK'e zarar verdiğini anlatan Çölaşan, 2 Haziran 2001 tarihli 'Türkiye'nin Talihsizliği Başlıklı' yazısında, Cumhurbaşkanından şöyle bahsediyor: "Sezer'i giderek daha iyi tanıyoruz. İçine kapanık, başı önüne eğik, konuşmayan, ilişki kuramayan, herkesten kaçan, devlet yönetimine duygularını karıştıran, başbakanla bile küsen, sorumluluktan kaçınan biri. Çeşitli kesimleri karşısına almak istemeyen, açık tavır koyamayan bir kapalı kutu. O, kendisini Çankaya'ya seçtiren Ecevit'in bir yanılgısı." Bu dönemde Cumhurbaşkanı sadece bir defa geri çevirdiği bir kararname nedeniyle Emin Çölaşan tarafından tebrik ediliyor. Daha sonra AKP döneminde Çölaşan, fikirlerini tamamen değiştiriyor.