Mahkeme heyeti, sanık ve avukatların taleplerini celse arasında değerlendirerek karara bağladı. Buna göre mahkeme heyeti, tutuklu sanıklardan Fatma Cengiz'in ifadesinde belirttiği ve MİT mensubu olduğunu söylediği kişi veya kişiler hakkında bir işlem yapılıp yapılmadığının MİT Müsteşarlığından sorulmasını kararlaştırdı. Tutuklu sanık İnönü Üniversitesi eski Rektörü Fatih Hilmioğlu'nun talebini kabul ederek Jandarma Genel Komutanlığına yazı yazılmasına karar veren mahkeme heyeti, 19 Eylül 2003 tarihinde Jandarma Genel Komutanlığı sosyal tesislerinde rektörlerle görüşen ve düzenlenen yemeğe katılan general ve subayların kimlik ve adreslerinin tespit edilerek bildirilmesini istedi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcı Vekilliğine yazı yazılarak ''Balyoz Darbe Planı'' davası adı verilen soruşturmanın gizli olup olmadığının sorulmasına hükmeden mahkeme heyeti, soruşturma kapsamında ifadesi alınarak tutuklanan Kurmay Albay Murat Ünlü'den ele geçirildiği iddia edilen kayıt ve belgelerin de onaylı suretlerinin istenmesini karara bağladı. Mahkeme heyeti, kamuoyunda ''İnternet Andıcı'' davası olarak bilinen ''Kamuoyunu yönlendirme amaçlı internet siteleri'' davasındaki sanıklar emekli Orgeneral Hasan Iğsız, Tümgeneral Hıfzı Çubuklu, emekli Albay Dursun Çiçek, sivil memur Bülent Sarıkahya'nın onaylı ifade örneklerinin getirtilerek dosyaya konulmasına hükmetti. İddianame ve belgelerde adı geçen, İbrahim Şahin ve irtibatlı olduğu sanıkların mesajlaşmalarında yer alan ''Matilda Sansaryan'' adlı kadın hakkında bir bilgi olup olmadığını MİT, Genelkurmay Başkanlığı, Jandarma Genel Komutanlığı, Emniyet Genel Müdürlüğünden sorulmasını kararlaştıran mahkeme heyeti, bu kadınla ilgili bir ihbar yapılıp yapılmadığının da bildirilmesini istedi. Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığına yazı yazılmasını kararlaştıran mahkeme heyeti, AK Parti'ye ilişkin Anayasa Mahkemesine açılan kapatma davasıyla ilgili olarak Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığınca yapılan soruşturmada görev alan Yargıtay Cumhuriyet Savcılarının kimler olduğu, soruşturmanın hangi aşamasında soruşturmaya katıldıklarının ayrıntılı olarak sorulmasını hükme bağladı. Bu arada, daha önceden mahkemenin talebi üzerine, AK Parti'nin katılmasına ilişkin dava dosyasının bir örneği Anayasa Mahkemesince mahkemeye gönderilmişti.