Ermeni Patriği, Sezer'e gönderdiği mektupta, 'azınlık okullarıyla ilgili karşılıklı mütekabiliyet esaslarına göre bir yönetmelik çıkarılmasını' öngören 5 maddeden dolayı yasanın Meclis'e gönderilmesini talep etti. Ancak Sezer, Ermeni Patriği'nin bu talebini dikkate almadı. Cumhurbaşkanı 16 maddelik kanunun sadece 'devletin özel okullardan ihaleyle hizmet satın alabilmesine' imkan veren 12. maddesini Meclis'in tekrar görüşmesini istemişti.