Mahkemede ilk olarak savunmasını Şahin Alpay yaptı. Alpay'ın 'P24 Dava Takip'in aktardığına göre savunması şöyle:

*İddianamedekilere ek olarak sunulan delillerin çoğu, tıpkı iddianamedeki delillerin tamamı gibi, Zaman gazetesinde yazdığım yazılardan oluşmakta.

*Evet, Zaman'da yaklaşık 14 yıl süreyle köşe yazarlığı yaptım. Ondan önce Cumhuriyet, Sabah ve Milliyet gazetelerinde de yazarlık ve editörlük yaptım.

*Zaman ciddi bir gazete olmak, toplumun tüm kesimlerine seslenmek arayışıyla çok farklı görüşte yazarlara sayfalarını açıyordu. Ben de özgürlükçü demokrasiyi savunan görüşlerimle, Zaman’ın okurlarına hitap etmekte yarar gördüm.

*Zaman'da yazarak muhafazakâr kesimlerin demokrasinin ve hukuk devletinin erdemlerini kavramalarına bir katkım olabileceğini düşündüm.

*14 yıldır köşe yazdığım gazeteye el konulmasına duyduğum tepkiyi göstermek amacıyla Zaman binasına gittiğim, orada bir de konuşma yaptığım doğrudur.

*O gün orada tepkilerini göstermek için sadece benim gibi Zaman yazarları ve çalışanları değil, başka gazeteciler yanında CHP milletvekilleri de vardı. Bunun neresi bir suç delili olarak mütalaa edilebilir, anlamak mümkün değildir.

*Gülen hareketine saygılı yaklaşmış olmamın yegane nedeni, ona toplum bilimsel açıdan bakmam oldu; asla herhangi bir aidiyet, mensubiyet gereği değil.

*Digitürk aboneliğinden ayrılarak, sadece izlediğim bir kısım kanalın değil, yıllardır içinde program yaptığım Mehtap TV'nin de platformdan çıkarılmasına tepkimi dile getirdim.

*(Digiturk aboneliğinin iptali hakkında): Tüketicinin Korunması Hakkındaki Kanun'un 13. maddesinde güvence altına alınan hakkımı kullanmaktan başka bir şey yapmadım. Bundan "müebbedlik" bir suç delili nasıl çıkarılabilir, anlamak mümkün değil.

*Alpay, savcılıkça delil olarak sunulan çeşitli yazı ve demeçleriyle ilgili suçlamalara cevap verirken o dönem başkalarınca dile getirilen benzer açıklamalardan örnekler okudu.

*Evet, o zaman dile getirdiğim bu görüşlerim yanlış, temelsiz olabilir, ama ifade özgürlüğümü kullanarak dile getirdiğim, o günkü samimi görüşlerdir; bir suç oluşturmaz.

*(Savcılığın suçlama delili olarak sunduğu bir başka alıntı Koza İpek Holding'e kayyım atanmasının eleştirildiği 2015 tarihli bir yazıyla ilgili) Bu benim demokratik toplumun gereklerini hatırlatan şahsi görüşüm, Anayasa ve AİHS ile güvence altına alınan ifade özgürlüğünü kullanarak dile getirdiğim bir görüş. Burada anılanlar sadece benim dile getirdiğim fikirler değildir. Toplumun geniş bir kesimi Koza İpek Holding'e kayyum atanmasına tepki göstermiştir.

*AKP'yi yeri geldiğinde destekledim, 2011'den itibaren rotasını tersine çevirip tek adam yönetimine yöneldiğinde ise iktidarı aynı kuvvetle eleştirdim. Çünkü hakkaniyet bunu gerektiriyordu.

* Yazılarımda ele aldığım konuları herhangi bir örgütün perspektifinden değil, bağlı olduğum özgürlükçü-çoğulcu demokrasi ve hukuk devleti ilkeleri açısından yorumladım.

*Herhangi bir örgütten ya da kişiden talimat alarak yazmam asla söz konusu olamaz. Bu iddiayı kişiliğime karşı yapılmış bir hakaret telakki ediyorum.

*Yazılarımda "silahlı terör örgütüne üye olduğumu, Anayasa'ya aykırı davrandığımı gösterecek en küçük bir delil bulunması söz konusu değildir.

*Suçlama konusu yazılarımda sadece kamuoyunu da yakından ilgilendiren 17- 25 Aralık soruşturmasıyla ilgili olarak kamuoyunun bir kesiminin ve muhalefet partileri liderlerinin dile getirdiklerine benzer görüşleri dile getirdim.

Duruşmanın öğleden sonraki ikinci bölümünde Şahin Alpay Nuriye Akman'ın avukatı Aynur Tuncel Yazgan savunmasına başladı:

*Nuriye Akman'ın Fethullah Gülen ve Yakup Saygılı röportajlarını yaptığı dönemde bu kişiler hakkında herhangi bir soruşturma yoktu.

*Bir kişinin örgüte yardımla suçlanabilmesi için örgütün varlığını ve amacını biliyor olması gerekmektedir.

*Hukuk zorlanmamalı. Hukuk zorlanınca biz de nasıl savunma yapacağımızı şaşırıyoruz.

*Örgüt üyeliği için iradi bir bilinçle hareket edilmesi gerekmektedir. Kendisini tanıdığım kadarıyla müvekkilem hiyerarşik bir yapı içine girip başkalarından talimat alacak birisi değildir.

Av. Yazgan Akman'ın savunmasının adından Şahin Alpay'la ilgili savunmasına başladı:

*Yargıtay kararlarında ortaya konan "terör örgütü üyeliği" kriterlerinin hiçbirinin Şahin Alpay bakımından söz konusu olmadığını maddelerle açıkladı

*Müvekkil, anayasal düzenin cebir kullanılarak devrilmesi değil bu düzene uyulması için çağrılar yapan yazılar yazmıştır.