Valencia'dan kiralanan, satın alma opsiyonu Beşiktaş'ta bulunan Fernandes, kaderiyle oynadı. Portekizli futbolcu, oyundan çıkarıldığı için tepki gösterince yönetimden çizik yedi. Gelecek sezon için artık düşünülmüyor Fernandes çizik yedi! Beşiktaş'ın, Valencia'dan yarım sezonluğuna kiraladığı Manuel Fernandes, Gençlerbirliği maçında oyundan çıktıktan sonra yaptığı hareketlerle, siyah-beyazlı takımdaki kariyerine çizik çekti. Beşiktaş'a geldiği günden beri ilk kez böyle bir davranışta bulunan Portekizli oyuncu, agresif hareketleriyle hem teknik heyeti, hem de yönetimi kızdırdı. Sezon sonunda Guti'nin ayrılma ihtimalini göz önünde bulundurarak bir ara Fernandes'in bonservisini ucuza alabilmenin hesaplarını bile yapan yönetimin, gelecek sezonki kadroda artık Fernandes'i düşünmedikleri öğrenildi. Gençlerbirliği maçının ikinci yarısında oyundan çıktıktan sonra Portekizce bağırıp çağıran ve su şişelerini tekmeleyen Manuel Fernandes'in bu tutumunu sorgulayacak olan Futbol Komitesi Başkanı Serdal Adalı ile komite üyesi Cengiz Zülfikaroğlu, bu oyuncuyla bir araya gelerek problemlerinin ne olduğunu soracak ve kendisini sert bir şekilde uyaracak. Teknik Direktör Tayfur Havutçu'nun da bu oyuncunun gösterdiği agresifliğe bir anlam veremediği bildirilirken, akıllara, bu oyuncu hakkında İspanyol basınında çıkan Valencia yönetimi ve teknik heyet ile yaşadığı problemleri getirdi.