2016 yılında İsrail ile Türkiye arasındaki Mavi Marmara krizini sonlandıran ve ilişkilerin normalleşmesinin önünü açan bir anlaşmaya imza atılmıştı. Bu anlaşmada daha sonra ortaya çıktığı şekilde iki ülke kamuoyundan da saklanan beş gizli madde vardı. Gizlenen maddeler, halihazırda İsrailli bir sivil toplum kuruluşu İsrail Hukuk Merkezi (Israel Law Center – ILC) tarafından Uluslararası Ceza Mahkemesine sunulmuş durumda. Kamuoyuna açıklanan altı maddenin yanı sıra şu beş madde Türkiye tarafında konuyu noktalıyor:

*Türk hükümeti, anayasadaki güçler ayrılığı sınırları içinde, filo olayıyla alakalı olarak Türkiye’de süren tüm ulusal yasal işlemlerin hızlı şekilde sonlandırılması için çalışacak. Her şekilde, anlaşmanın yürürlüğe girmesiyle birlikte, filo olayıyla ilgili Türkiye’de süren her yasal işlem, ulusal yetkili mahkemelerde sonlandırılacak.

*İsrail ve Türkiye, anlaşmanın yürürlüğe girmesinin ardından her bir ülkenin, kendi vatandaşları aleyhindeki suç duyurularını incelemek ve uygun olduğunda dava açmak için özel yargı yetkilerine sahip olması konusunda anlaşmıştır.

*Türkiye ve İsrail, kendilerine ait topraklardan birbirlerine karşı herhangi bir terörist ya da askeri faaliyete izin vermeyeceğini ya da yurt dışındaki bu tarz faaliyetleri desteklemeyeceğini beyan eder.

*İsrail, Türkiye ile Gazze şeridindeki nüfusun yararlanacağı projelerde iş birliği yapmaktan memnuniyet duyacaktır.

*İsrail ve Türkiye, 22 Mart 2013’de varılan uzlaşmanın, 28 Haziran 2016’da imzalanan anlaşmanın ve bu ekte belirtilen düzenlemelerin, filo olayı ve sonrasında ortaya çıkan gelişmeler ve sonuçlarıyla alakalı süren tüm sorunları kapsadığı ve hepsini sonlandırdığı kabul edilir.