Afyon hapsi ile ilgili olarak Zübeyir  Gündüzalp Ağabey şunları da anlatıyor: 

Üstad, zaman zaman gardiyanlara bakkaldan bisküvi ve lokum aldırır. Lokumların, yazılı olmayan temiz ve düz  kese kağıtlarına konmasını ister. Daha sonra da bu kese kağıtlarını yazı malzemesi olarak kullanır.

Mahkemede Afyon Savcısı, yanlışlar ve hatalarla dolu uzun iddianamesini saatlerce dinlettirdiği halde maznunlara (sanıkların) bir-iki dakikadan fazla savunma hakkı verilmez.

O gün Üstad, elinde bir kese kağıdı ile hapisane penceresinde gözükür. Parmağıyla kese kağıdının altına işaret eder, sonra ellerini daktilo tuşlarına dokunur gibi yapar. Ardından kollarını makas gibi birkaç defa açıp kapatır.

Zübeyir Ağabey, mesajı almıştır. Kese kağıdının dibindeki yazı alınacak, önce daktiloya çekilecek, sonra çoğaltılıp gerekli yerlere gönderilecektir. Hapisane kapısından hızla içeri dalar.  Üstad o sırada elinde kese kağıdı ile odasından aşağı inmektedir. Fakat gardiyanlar, Zübeyir Ağabey görür görmez bağırmaya başlarlar: “Bıktık senden artık, yine mi sen!” derler o da  “Ne var bunda, Üstad bir şey soracak, gideceğim” der. 

Kese kağıdını  Üstad’ın elinde gören gardiyanlar, dikkat kesilirler. Üstad, bir lokum çıkarıp gardiyan Ahmet Efendinin ağzına koyar. “Ben yiyemiyorum, dokunuyor, talebelere teberrük vereceğim” der. Ayrıca  “Çok hoş, çok hoş!”  diyerek bir tane daha verir. Gardiyan lokumla oyalanırken kese kağıdını Zübeyir Ağabeye uzatarak: “Bunu talebelere dağıtın” der, sonra da  “Bera-yı malumat’  dersin.” der.

Zübeyir Ağabey sezdirmeden önce yavaş adımlarla yürür, dış kapıya yaklaşınca, birden hızlanıp süratle koşar, kaldığı eve gelir. Üstad’ın yazdığı yazıyı kese kağıdının dibinden çıkarıp daktilo eder. Sonra da bütün Bakanlıklara gönderir. 

Afyon Savcılığına, Emniyet Müdürlüğüne Afyon Valiliğine peş peşe yazılar gelmeye başlar.  “Said Nursinin hapisten dışarı yazı çıkartmasına nasıl izin  verildiği” sorulur.

“Bu işi mutlaka Zübeyir Gündüzalp yapmıştır”  diye savcılığa çağrılır. Sorguda: “Adalet Bakanlığına göndermemi anladık; bu Orman, Ziraat gibi Bakanlıklar neyin nesi oluyor?” denilir.

Zübeyir Ağabey de  Üstadın yanından ayrılırken aldığı şifreli sözü tekrarlar: “Berâ-yı malumat, efendim.”

“Ne demek?”

“Yani Adalet Bakanlığına gereği, diğerlerinde de bilgi için.

Buna karşı hukuki olarak söylenecek bir söz yoktur. Tahkikat neticesiz kalır. 

Üstad Hazretleri bu uzun dilekçenin girişinde şunları yazarak:

“Afyon Mahkemesinden, hakkımızda sadır olan haksız hükmün Temyiz Mahkemesi yoluyla bozulması üzerine yapılan duruşmamızda beni yine konuşturmadılar. Hakkımızda Üçüncü bir şiddetli iddianameyi bize dinlettirdiler. Hem yanıma kimseyi bırakmadılar ki, gelsin, yazıyla bana yardım etsin. Yazım noksan olmakla beraber, hasta halimle beraber yazdığım bu şikayetimi, bu zamanda hakkımda iki defa  tam adalet  eden Makamımıza bir Temyiz Lâhiyem olarak takdim ediyorum.”

Hapisanede Risaleleri  yazma işlerine engel olunmayınca tedbirler olağanüstü sıklaştırılır. Üstadın dışarıya bakan ve mahpusların kendisini görüp selamladığı penceresi mıhlanır, kapısı kilitlenir. Bundan böyle yanına hiç kimse sokulmaz. Sadece lüzumlu işlerini görmek için Halil Ağaya izin verilir. Halil Ağa 30-40 seneye mahkum bir kâtildir. Bu ağır hükümlü aynı zamanda idareye çalışan bir hafiyedir.

Bu sıkı vaziyette bile Üstad  Hazretleri  “El-Hüccetü’z-Zehra” isimli Risaleyi telif eder ve Mahkeme müdafaaları yazar. Üstad’ın parmak uzunluğunda bir sabit kalemi vardır. Onun hapisane duvarındaki bir delikte saklar.

Halil Ağa sırf  Üstad’ın yazılarını gözetlemek için görevlendirilmiştir. Onun için Üstad’ın bütün hâl ve davranışlarını dikkatle izlemeye başlar. Onun için içli Kur’an ve Cevşen okuyuşunu dinler. Kendinden geçercesine ‘Allahü Ekber’ deyip namaza duruşunu seyreder. Bir –iki derken, ‘Her ruhu cezb ve celbetmek şeni olan namaz’  Halil Ağanın kalbini yumuşatır. 

Bir ara Üstad’ın odasını süpürürken Halil Ağanın belindeki kaması gözükür. Üstad bunu vesile ederek Halil’e  ‘Sen korkak mısın?  Bunu korkaklar taşır, Allah’a kul olan, hiçbir şeyden korkmaz’ diyerek, onun zayıf noktasından girer. Bu sözler,  Halil Ağada hayret uyandırır.

Bir gün Üstad, âniden Halil Ağaya  ‘Git abdest al gel beraber namaz kılacağız’ der. Halil Ağa bu ani emir karşısında “Hocam ben çok günahkarım, günahlarım af olur mu?”  deyince,  Üstad, “Bütün yaptığın kötülüklerden pişman ol, Allah seni affeder” der. Halil Ağa, abdest alıp gelir, Üstadın arkasında namaza durur. Öylesine etkilenir ki, içinden “Eğer biz adam isek, bu adam değil, eğer bu adam ise, biz adam değiliz.” der.