Hocaefendi, Sızıntı dergisinin 12 Eylül İhtilali’nden yirmi gün sonra yayımlanan Ekim sayısında “Son Karakol” başlığıyla kaleme aldığı başyazıda şöyle diyordu: 

“Milli bünyeyi yıllardır kemiren kanserleri bertaraf edecek şey, daha köklü ve gönülden bir harekettir.” 

Ülkedeki "anarşi ve terörü önlemek ve akan kanı durdurmak amacıyla" Türk Silahlı Kuvvetleri yönetime el koydu. Tüm yurtta sıkıyönetim ilan edildi. Genelkurmay başkanı Kenan Evren başkanlığında, Kara Kuvvetleri komutanı Orgeneral Nurettin Ersin, Hava Kuvvetleri komutanı Tahsin Şahinkaya, Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Nejat Tümer ve Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Sedat Celasun'dan oluşan Milli Güvenlik Konseyi yürütmeyi eline aldı. Siyasi parti liderleri "gözetim altına" alındı.

12 Eylül’de komünizmin ve korkunç bir anarşinin durdurulmuş olması önemliydi; ancak Hocaefendi’ye göre bu nihai çare değildi. Hocaefendi, Sızıntı dergisinin 12 Eylül İhtilali’nden yirmi gün sonra yayımlanan Ekim sayısında “Son Karakol” başlığıyla kaleme aldığı başyazıda şöyle diyordu: “Milli bünyeyi yıllardır kemiren kanserleri bertaraf edecek şey, daha köklü ve gönülden bir harekettir.” 

Türkiye’nin 12 Eylül 1980 İhtilali’ne sürüklenmesinin felsefi bir değerlendirmesini yapan Hocaefendi’ye göre, tatmin edilememiş ve hatta terk edilmiş bir gençliğin çeşitli kamplara ayrılması ve birbirini kıran kırana öldürmesi gayet normaldi. Hocaefendi, Türk gençliğini “soysuzlaştırma” ve ona “canavarlık aşılama” girişimleri karşısında millet olarak sessiz kalındığını hatırlatıyordu. 

Hocaefendi’nin 12 Eylül İhtilali’ndeki en büyük kaygısı, Türkiye’nin ihtilalle komünist bir yönetimin eline geçmesiydi. Zira, ihtilalci grupların sivillere askeri elbise giydirerek onlara askeri eğitim yaptırdıklarını ve büyük bir inançla devrim peşinde koştuklarına şahit olmuştu. “Onların bu samimiyeti beni korkutuyor, sonuç bile alabilirler” diyerek bu endişesini ifade ediyordu.   

Nitekim, Kenan Evren’le birlikte 12 Eylül 1980 İhtilali’ni yapan Tahsin Şahinkaya da şunları söylüyordu: 

“İhtilalden sonra memleketin durumunu daha iyi anladık. Komünistler, 1981 yılı Nisan ayının ilk cuma gününde ihtilal yapacaklarmış. Bütün teçhizatlarını hazırlamışlar. Birçok subay elbisesi almışlar. O gün insanlar cuma namazı kılmak için camilere girdiklerinde birçok camiyi bombalayacaklarmış. Devlet adamlarından yüz kişiyi tespit etmişler. Adreslerine ve telefon numaralarına varıncaya kadar her şeylerini öğrenmişler. İhtilal günü hepsine suikast düzenleyip öldüreceklermiş. Kimin kimi nerede, nasıl vuracağı ince ince hesaplanmış. Mesele bu kadar tehlikeliymiş. Bunların hepsini ihtilalden sonra ele geçirdik.”

‘Bence 12 Eylül'ün diğer ihtilallerden pek farklı bir yönü yoktu: Yine gençler silahlı ve sokakta.. yine dillerde Marks ve Lenin.. yine kin ve nefret.. yine yıkıcı siyaset ve meclis polemiği.. yine müdahaleye çağrı ve yine 'hele bir yıkalım sonra oturur ne yapacağımızı düşünürüz' gibi geri kalmış ülkelerin psikolojisiyle hareket etme hastalığı sarmıştı bir baştan bir başa toplumu. Kimsenin kimseyi kabullenmediği, bir kesimin diğeri ile beraber yaşamaya tahammül edemediği ve en küçük farklılıkların kavga vesilesi yapıldığı böyle bir ortamda, müdahele için her şey tamamdı. Ve yine sun'i sağ-sol hikayesi, hürriyet ve demokrasinin katliyle sonuçlanacaktı.

Ayrıca, o günlerde şımartılan illegal sol, gelişmiş, güçlenmiş, eski soldan çok farklıydı. Hatta iktidara geleceğine inanıyordu. Bu itibarla da o güne kadar hiç yapmadıkları şeylerle sokağa dökülmeye başlamışlardı. Nice defa şahit olmuşumdur; bu ülkede Marks'ın, Lenin'in resmi olduğu halde nümayişler yapılmıştır… ve hele bir iki yerde gördüğüm manzara karşısında -samimi söylüyorum- ben, acaba kabus mu görüyorum, dediğim olmuştur. Bir keresinde, Lüleburgaz'dan geçerken, insanın tüylerini diken diken eden acaip bağırış, çağırışları görüp duyduğumda donakalmıştım. Bu nasıl iştir böyle!..

Bu arada şunu da vurgulamakta yarar var: Bu son hareketin (12 Eylül’ün) mimarları bazı müspet icraatta da bulundular. Toplumu, dirilmesi için bir kere daha silkelediler. Sovyet imparatorluğu yıkılma sath-ı mailine girdiği bir dönemde maceracı gençlerin Türkiye'yi Sovyetler'in peyki haline getirme oyununu bozdu ve ülkemizin içinden çıkılmaz bir bataklığa sürüklenmesini bilerek veya bilmeyerek önlediler…Bazı kıymetli vatan evlatlarına millete hizmet etme yollarını açtılar..'

12 Eylül 1980 İhtilali’nden sonra Hocaefendi, 6 yıl cami kürsülerinden uzak kalacaktı. Hocaefendi, ihtilalden bir hafta önce 5 Eylül Cuma günü son vaazına çıktı. Vaazında, kainatın işleyişi ve hayatın devamlılığı için Allah’ın kainata koyduğu fizik kurallarından bahsetti.  

Bediüzzaman’ın “Tabiat, Allah’ın san’atı ve şeriat-ı fıtrîyesidir. Nevamis ise, onun meseleleridir. Kuva dahi, o meselelerin hükümleridir.” (Said Nursî, İşaratü’l-İ’caz) diye bahsettiği ve Kur’an’da: 

‘Sonra din işinde, seni ayrı bir şeriat yoluna koyduk. Sen ona tâbi ol, gerçeği bilmeyenlerin keyiflerine uyma.’(Casiye Suresi, 18) diye izah edilen mevzuya değindiği için şeriat propagandası yaptığı iddiasıyla sıkıyönetimce suçlu bulunarak hakkında soruşturma başlatıldı.    

İzmir’deki bir yerel gazete de bu vaazı: “Fethullah Hoca, üniversite hocalarının da bulunduğu camide şeriat propagandası yaptı” diye haber yapınca savcılık olaya el koydu. Soruşturma sonucunda savcılık herhangi bir suç izine rastlamayarak takipsizlik kararı verdi. Bu olay takipsizlik kararıyla sonuçlanmış olsa bile bazı ihtilalcilerin gözünde Hocaefendi, tehlikeliydi ve mutlaka gözaltına alınması gereken kişilerin başında geliyordu. 

İhtilal olduğu sırada Bornova’daki askeri birliğin komutanı Tuğgeneral Hayri Terzioğlu Hocaefendi’den haberdardı. Fakat, Hocaefendi’yi dinlemek ve anlamak yerine gazeteci olan komşusunun önyargılarıyla hareket ediyordu. Bu gazeteci, Hocaefendi hakkındaki olumsuz fikirlerini her fırsatta dile getiriyordu. İhtilal gecesi Terzioğlu, Hocaefendi’nin kaldığı yere  baskın yaptırdı, ancak Hocaefendi’yi bulamadı. O gece yarısı evde arama yapanlar Hocaefendi’nin bütün kitaplarını raflardan indirip baktıklarında Bilim ve Teknik dergileri, dünya edebiyatından seçme romanlar ve daha nice güzide kitaplarla karşılaştılar. Tabi bu onlar için büyük bir şok olmuştu. Kafalarında çizdikleri ‘Hamsofu Hoca’ tiplemesiyle Fethullah Gülen Hocaefendi örtüşmüyordu. 

Hocaefendi, o gece evde bulunamayınca, İzmir Sıkıyönetim Komutanlığı, onun hakkında arama emri çıkardı. Ardından da Hocaefendi’nin ismi ilanlarla bütün Türkiye’de aranan kişilerin listesine konuldu. Hayatın yoğun olduğu bütün mekanlara… terminallere, tren istasyonlarına, duvarlara, sokaklara asılan terörist grupların resimlerinin olduğu afişlerde masum olan Hocaefendi’nin de resmi vardı artık. 

Fethullah Gülen Hocaefendi, ihtilalin ilk günlerinde “İhtilalciler Mehter Marşı’yla bile gelseler, ne olduklarından tam emin olamayız” diyerek hemen teslim olmak istemiyordu. Ayrıca kendisine yönelik somut bir suçlama da yoktu. Savcı takipsizlik verdiği halde keyfi bir uygulamayla aranıyordu. Siyasi kararların hukukun üstünde tutulduğu böyle durumlarda gözaltında ve cezaevinde ne olacağı belli olmuyordu. Adil bir yargılama imkanının bulunmadığı o şartlarda gidip teslim olmak dipsiz bir kuyuya atılmak anlamına geliyordu ve bu Hocaefendi için yıllarca cezaevinde suçsuz olarak kalması demekti. 

Örneğin, Alparslan Türkeş gibi güçlü bir siyasi liderler, toplumun tanınmış simaları bile teslim olduktan sonra en az beş-altı yıl cezaevinden çıkamamışlardı. 12 Mart 1971 Muhtırası’nda da Hocaefendi bunu bizzat yaşamıştı. Bir de Hocaefendi, 12 Eylül sabahı, Kenan Evren’in radyo konuşmasından dinlediği kadarıyla toplumun önde gelen şahıslarının yaptıkları faaliyetler iyi veya kötü; sağ ve sol olduğuna bakılmaksızın hepsi aynı kefede suç olarak değerlendiriliyordu. 

Hocaefendi, bunu kurt ve kuzu hikâyesiyle şöyle anlatıyordu: “Kurt, kuzuya ‘Suyu bulandırdın’ demiş. Kuzu, ‘Ne zaman?’ diye sormuş. Kurt ‘Altı ay önce’ demiş. Kuzu, ‘Ama ben üç ay önce doğdum’ deyince Kurt şu karşılığı vermiş: ‘Olsun hepsi aynı sene içinde değil mi?’”  

İhtilalin olduğu gece Hocaefendi Çeşme’de bulunuyordu. Onun bulunma ihtimali olduğu yerlere arka arkaya baskın yapılıyordu. Her seferinde Allah’ın inayeti ile baskından kurtuluyordu Hocaefendi. Ya baskın yapıp gitmiş oluyorlar ya da daha yapmak üzereyken uzaktan fark ediyordu. Böyle bir takip içinde, üç gün kadar Ortaköy’de henüz tamamlanmamış, camları, penceresi olmayan bir binada ışık yakmadan soğuk içerisinde geçirdi. Her şeye rağmen Hocaefendi elindeki küçük fenerle evradını okumayı ihtimal etmedi. Ondan sonra İzmir’den ayrılan Hocaefendi, önce Isparta’ya geçti. İzmir’de çok sıkı takibe alındığı için Isparta’ya gidip orada ne yapacağına karar vermek istiyordu. Bu arada Kemal Erimez de bu sıkıntılı durumdan kurtulmanın çaresine bakıyordu. Bu amaçla İstanbul’a giderek Hocaefendi’nin kalabileceği bir yer ayarladı.  

Hocaefendi, Sızıntı dergisinin Ekim 1980 sayısı için yazdığı “Son Karakol” başyazısını, Isparta’da kaldığı günlerde kese kağıtlarına ve kullanılmış sayfaların arkalarına yazdı. Kaldığı evde ışıkları yakmıyor, el feneri ya da mumla işlerini görüyordu. Isparta küçük bir yerdi. Hocaefendi, İstanbul’a geçmeyi tercih etti. İstanbul’da kaldığı evi, Kemal Erimez ayarladı. İlk gece orada kaldılar, ertesi gün başka bir yere geçtiler. Hocaefendi’nin bu hadiseler karşısında ruhu çok sıkılıyor, oturduğu yerde sabaha kadar uyuyamıyordu. Böyle eli kolu bağlı olmak içini daraltıyordu. Teslim olup bu belirsizliği bir an önce bitirmeyi bile kafasından geçiriyordu. Üç gün bu evde kaldıktan sonra tekrar İzmir’e doğru hareket ettiler.  

İstanbul’dan İzmir’e giderken, geceyi Bursa’da geçirmeye karar verdiler. Yolculuk sırasında yanında kendisi gibi hoca olan İzmir’den arkadaşı Mehmet Ali Şengül vardı.  İhtilali’nin üzerinden 20 gün geçmişti. 1980 yılının Ekim ayıydı. Kaderin cilvesine bakın ki Hocaefendi ve arkadaşı yakalanmak istemedikleri takibin tam da ortasına düşmüşlerdi. Askerler ve Bursa polisi onların geldiği Nilüfer Mahallesi’nde arama yapıyorlardı. Bursa’daki bu baskın özel olarak Hocaefendi için yapılmış değildi. Ama şube müdürü Hocaefendi’yi tanımıştı. 

Ekip komutanı Yüzbaşı Cengiz Basmaz’dı. Askerler arasında iki binbaşı da vardı, ama aramayı yapan jandarma timinin komutanı Yüzbaşı Basmaz’dı. Sıkıyönetim sebebiyle askerin emrinde çalışan Bursa Siyasi Şube polisi Hocaefendi ile birlikte evdekilerin kimlik tespitini yaptı. Evdeki kitaplıkta bulunan dini kitaplar ve ansiklopediler suçlu olmalarına yeterdi zaten. 

Siyasi Şube Müdürü, “İlahiyat fakültesinden bilirkişi çağırıp bu kitapların tespitini yapalım” diyordu. Hocaefendi, “Bilirkişi çağırmanıza gerek yok. Ben hocayım, size baştan sona tek tek kitapların ne olduğunu söyleyeyim” deyip kitapları tek tek anlattı. Bu arada hangi ortamda olursa olsun namazlarına karşı çok hassas olan Hocaefendi, namaz kılması gerektiğini söyleyince bu sözleri müdürün hoşuna gitmedi: 

“Kazaya kalsın, sonra kılarsınız” diyerek geçiştirdi. Emniyet müdürü, Yüzbaşı Basmaz’a Hocaefendi ve Şengül’ü işaret ederek, ısrarla: “Bunları Emniyet’e götürelim. Haklarında kayıtlara bakalım” diyordu.  

Yine bu emniyet müdürünün ısrarıyla Hocaefendi’yi Bursa’ya getiren otomobil de arandı. Yüzbaşı Basmaz, diğerlerine göre biraz daha aklı selimle hareket ediyordu. Rahatsızlığı olan Hocaefendi’nin otomobilin içinde oturmasına müsaade etti. O sırada Basmaz da arabanın ön tarafına binip kontrol etti. Hocaefendi’nin, Sızıntı dergisinin Kasım sayısı için yazdığı üç sayfalık “Merhamet” başlıklı yazısını bulunca merakla eline aldı. Hocaefendi’nin tavırlarından, raflardaki kitapları teker teker saymasından ve okuduğu bu yazıdan yüzbaşı anlıyordu ki bu karşılarındaki öyle bildikleri klasik hoca profilinden çok başkaydı. Bundan etkilendi yüzbaşı. 

‘Merhamet varlığın ilk mayasıdır. Onsuz, her şey bir bulamaç ve kaostur. her şey merhametle var olmuş, merhametle varlığını sürdürmekte ve merhametle nizam içindedir.

Gökler ötesinden gelen merhamet mesajlarıyla, yer, düzene kavuşmuş; semâ tesviye görmüştür. Makro-âlemden mikroâleme kadar her şey, hayranlık uyaran bu âhenge ve çelik çavak işleyişe merhamet sayesinde ermiştir.

Bu hareket ve işleyişte her şeyin, ebedî var oluşta kazanacağı hâl ve alacağı durumun provası yapılmaktadır. Ve bütün varlıklar bu istikamette bir çırpınış içindedir. Her çırpınışta nizam ve intizam nümâyân, her sıçrayışta merhamet şûle-feşândır .

Eli kanlı, yüzü kanlı; gönlü kanlı, gözü kanlı; hâsılı, hem deli hem de kanlıya merhamet, bütün mağdurlara, bütün mazlumlara karşı en korkunç bir merhametsizliktir. Böyle bir tutum ise, kurda acıyıp da, kuzuların hukukunu kâle almama gibi bir şeye benzer ki; kurtları güldürse bile, bütün âsumânı âh u efgâna getirecektir.’ (Sızıntı, Kasım 1980, Cilt 2, Sayı 22)

Yüzbaşı Basmaz, yazıyı bitirince Hocaefendi’ye dönerek: “Bu yazıyı bir oturuşta yazmışsınız.” dedi. 

Diğer taraftan Siyasi Şube müdürü, Hocaefendi ve Mehmet Ali Şengül’ün gözaltına alınmasında diretiyordu: “Gözaltına alalım. İzmir’e soralım.” 

Yüzbaşı Basmaz: “Gerek yok. Başımızda yeterince terör belası var. Görev yaptıkları camiler belliyse hocaları bırakalım gitsinler.” dedi. Yüzbaşı Basmaz Hocaefendi’ye, “Hocam güle güle gidin” dedi. Böylece Hocaefendi ve arkadaşı Mehmet Ali Şengül gözaltına alınmadı.   

Yüzbaşı Basmaz’ın serbest bırakması üzerine İzmir’e gelen Hocaefendi, birkaç gün İzmir’de kaldı. Sonra Ankara’ya geçti. Ankara’da kalacağı yeri ayarlayan kişi yine Kemal Erimez’di. Hocaefendi, burada da fazla duramıyordu. Zira, Hizmetlerin durmasını istemiyordu. 

Hocaefendi, kendisini daha ziyade İzmir Sıkıyönetimi’nin aradığını düşündüğü için tayinini İzmir dışına yaparsa bu problemin nispeten hallolabileceğini düşünüyordu:

'İhtilalin bu ilk günlerinde benimle daha ziyade İzmir Emniyet'i uğraşıyordu. Bu sebeple aranmam bir yönüyle mahalli sayılırdı. Türkiye geneline teşmili daha sonra oldu. Onun için tayinimin İzmir dışına yapılmasını istedim. Belki bir çare olabilir, diye düşündüm. Bu vesileyle gidip Diyanet İşleri Başkanı ile görüşmeye karar verdim. Bir müddet kapıda bekledim. Sonra yanına girdim. Bazı evraklarla meşguldü. İşini bitirinceye kadar da bekledikten sonra meseleyi görüşebildik…Çanakkale'ye tayin edildim.'

Hocaefendi, 25 Kasım 1980’de Çanakkale merkez vaizliğine atandı. Fakat, hem kendisinin rahatsızlığı hem de yavaş yavaş yayılmaya başlayan hakkındaki bu arama kararı sebebiyle birkaç defa rapor alıp Çanakkale’de göreve başlayamadı.

İhtilalin toplumu ve kendisini nasıl yaraladığını Sızıntı dergisinin Mart 1981 sayısında çıkacak olan “Nerdesin?” başlıklı başyazısıyla kaleme aldı Hocaefendi.  “Neredesin?” diyerek özlemini çektiği ve geleceğin dünyasını inşa edecek olan Altın Nesle sesleniyordu: 

“Bizler uçsuz bucaksız bu beyabanda, gördüğümüz her kervana, Yusuf’un gömleğini sorar gibi seni sorduk ve sonra da güzel bir sabır çekerek yeni doğuşlar beklemeye koyulduk. Sessizliğin ve kimsesizliğin içimizi yalnızlıkla doldurduğu, bu insiz, cinsiz âlemde, kaç defa sinekleri kartal; elsiz, ayaksız kötürümleri İskender diye alkışladık. Arkasından koşup durmadığımız kafile kalmadı. Ama sen, hiçbirinde yoktun. Karşılaştığımız minare kâmetliler, parmak kadar düşünceye, bir mum tutuşturacak kadar iradeye sahip değillerdi. Ruh dünyaları karbonlaşmış, fikirleri harâbâtî (özensiz), bakışları miyop ve beyanları alabildiğine dekolte idi. Onlarda, kahramanımızın çarpıcı nazarları, kahramanımızın ıstırap ve acıları, kahramanımızın coşkunluk ve tebessümleri göze çarpmıyordu... Zaman bizim için hep muharrem, zemin Kerbela oldu. Sinemiz, Hüseyin’in âhu efgânıyla inliyor. Gözlerimiz kararan ufuklarda, hilâl arar gibi yolunu gözlerken, her yüzde seni arıyor, her çığlıkta senin muştunu duymak istiyoruz. Sana hasret, sana susuz ve sana tutkunuz (...)