Bediüzzaman Hazretleri Ankara’da bulunduğu müddetçe, çok önem verdiği ve sırf onun için 1907’nin sonlarında İstanbul’a geldiği güneydoğuda açılacak Üniversite projesini gündeme getirmekten geri durmadı. Bir gün Meclisteki Mebuslar Heyetine: “Bütün hayatımda bu dinî ilimlerle, fennî ilimlerin birlikte okutulduğu Üniversiteyi takip ediyorum. Sultan Reşad  ve İttihatçılar, yirmi bin altın Lira verdiler. Siz de o kadar ilave ediniz” dedi. 

O zaman, yüz elli bin banknot  vermeye karar verdiler. Bunun üzerine “Bunu bütün mebuslar imza etmelidirler” deyince bazı mebuslar dediler ki: “Yalnız, sen medrese usulü ile, sırf İslâmiyet noktasında gidiyorsun. Halbuki şimdi, batılılara benzemek lâzım.” 

Üstad Hazretleri de: “O şark vilayetleri, Âlem-i İslama bir nevi merkezi hükmündedir; yeni fenler yanında, dînî ilimler de lazım ve elzemdir.’ Çünkü Peygamberlerinin ekseriyetinin Şarkta; filozofların çoğunun Garb’ta gelmesi gösteriyor ki, Şark’ın terakkiyatı din ile kâimdir.  Başka vilayetlerde sırf yeni fenler okuttursanız da, Şarkta her halde millet, vatan maslahatı namına, dînî ilimler esas olmalıdır. Yoksa, Türk olmayan Müslümanlar, Türk’e hakiki kardeşliğini hissetmeyecek. Şimdi bu kadar düşmanlara karşı yardımlaşmaya ve dayanışmaya muhtacız. Hatta bu hususta size hakikatlı bir misal vereyim: Eskiden Türk olmayan bir talebem vardı. Eski Medresemde, hamiyetli ve gayet zeki o talebem, dînî ilimlerden aldığı hamiyet dersi ile her vakit şöyle derdi: ‘Salih bir Türk, elbette fâsık (fısk u fücur işler yapan günahkâr) kardeşimden ve babamdan bana daha ziyade kardeştir ve akrabadır.’ Sonra, aynı talebe, talihsizliğinden, sırf maddî yeni fenler okumuş. Ben dört beş sene sonra esaretten gelince onunla konuştum. Hamiyet-i milliye bahsi oldu. O dedi ki: ‘Ben şimdi, râfızî bir Kürdü, salih bir Türk Hocasına tercih ederim.’  Ben de ‘Eyvah, dedim. Ne kadar bozulmuşsun!’ Bir hafta çalıştım, onu kurtardım, eski hakikatlı hamiyete çevirdim.’ 

(Üstad Hazretleri  bu hususta şu örnekleri de sunmuştu: Bu İslâm cemaatleri, -her ne kadar bir cemaat namazsız kalsa, fâsık da olsa, yine – başlarındaki idarecileri mütedeyyin (dindar) görmek ister. Hatta bütün Kürdistan’da umum memurlara dair en evvel sordukları suâl bu imiş: ‘Acaba namaz kılıyor mu?’ derler. Namaz kılarsa mutlak güvenirler. Eğer kılmazsa ne kadar muktedir olsa nazarlarında töhmet altındadır. Bir zaman Beytüşşebap aşiretlerinde isyan vardı. Ben de gittim sordum. ‘Sebep nedir?’ Dediler ki, Kaymakamımız namaz kılmıyor, rakı içiyor.’  Bu sözü söyleyenler de namazsız hem de eşkıya idiler.) 

“İşte ey mebuslar!..  O talebemin eski hali, Türk milletine ne kadar lüzumu var! İkinci hali, ne kadar vatan menfaatine uygun olmadığını fikrinize havale ediyorum. Demek farz-ı muhâl olarak siz başka yerde dünyayı dine tercih edip, siyasetçe dine ehemmiyet vermeseniz de, her halde şark vilayetlerinde din tedrisatına önem vermeniz lâzım.” 

Bunun üzerine, muhalifler dışarı çıkıp, yüz altmış üç milletvekili o kararı imzaladılar. Maalesef, daha sonra medreseler kapatılıp dinî tedrisat yasaklanınca işte dini ilimlerle fennî bilimlerin beraber okutulacağı bu Üniversite, yani Medresetü’z-Zehra da kapatılmış. Ama istismara açık o bölgelerin kaderi provokatörlere bırakılmıştır.