Askeri casusluk ve şantaj iddianamesinde, TÜBİTAK'ta hazırlanan bir kısım gizli projelerin, bu kurumda görevli görevli Yücel Çipli tarafından örgütün üst kademesine gönderildiği belirtildi. Örgütün, bu projeleri engellemeye çalıştığı, bazı projeleri de yabancı ülkelere pazarlamayı planladıkları anlatıldı. İddianamede, Çipli'nin örgüt ile temasının tutuklu sanık teğmen Emrah Küçükakça aracılığıyla sağladığı ifade edildi. İddanamede, "Yücel Çipli liderliğinde farklı bir hücre yapılanması olduğu ve bu hücre yapılanması içerisinde TÜBİTAK'ta görevli Aysam Akses, Cüneyt Hakan Bağcıoğlu ve Merdan Metin isimli şahıslar bulunduğu, bu şahısların TÜBİTAK'ta hazırlanan bir kısım gizli projeleri Yücel Çipli'ye teslim ettikleri, Yücel Çipli'nin de bu verileri örgütün amaçları doğrultusunda kullanılmak üzere örgütün üst kademesine göndermek için Emrah Küçükakça'ya verdiği anlaşılmıştır." denildi. Örgütün, TÜBİTAK'taki projeleri engelledikleri belirtilen iddianamede, "Devletin stratejik kurumlarına sızan örgüt mensuplarının çalıştıkları kurumlardan elde ettikleri devletin güvenliğine ilişkin gizli belgeleri bağıl bulundukları örgüt yöneticilerine ulaştırdıkları, kendilerine bu belgeleri getiren ancak örgüt üyesi olmayan kişilere ücret ödedikleri, özellikle TÜBİTAK tarafından TSK için yürütülen ülke yararına gerçekleştirilen projeleri durdurmaya, yavaşlatmaya veya engellemeye çalıştıkları anlaşılmıştır." ifadeleri yer aldı. İddianamede, tutuksuz sanıklarından astsubay Adnan Yılmaz'da, TSK-Net ağı üzerinden gönderilen mail kayıtlarının bulunduğu belirtildi. Söz konusu maillerin kişilerin özel hayatları ve cinsel yaşamlarına ilişkin yazışmalar olduğunun belirtildiği iddianamede, "Bu mail eklerinde ise TSK'ya ait devletin güvenliği açısından gizli kalması gereken belgeler bulundu." denildi.